系统性念珠菌病：胃肠系统念珠菌感染，念珠菌性食道炎常与口咽念珠菌病并发，可有咽下困难、疼痛等症状，使用食道镜检查有红斑、白色斑块、伪膜样物，似鹅口疮。常为支气管肺念珠菌病的先驱症状，也可引起胃及肠的疾病。胃念珠菌病少见，症状似溃疡病，但可用制霉菌素治好，而使用抗溃疡病治疗无效。胃肠道念珠菌病，腹痛、腹泻、直肠出血、肛门瘙痒，用抗细菌治疗无效。此外，念珠菌也可侵入胆囊，引起胆囊炎，不易诊断；泌尿系统念珠菌感染。上尿路感染，如肾、输尿管，开始常无症状，只见到念珠菌尿症，即尿中念珠菌芽泡数目增多。侵犯膀胱，引起念珠菌性膀脱炎，有尿频、尿急、排尿困难，有时可见血尿，抗细菌治疗无效。有时在尿中排出胶样物，常与留置导尿管或糖尿病有关；支气管、肺念珠菌病，其症状与一般细菌引起的支气管炎和肺炎相似，有时且可合并细菌感染；骨、关节念珠菌病可能与血行播散感染有关。其症状与细菌或其他感染的症状相似，较难确诊；念珠菌性内眼炎较少见，可有疼痛、视力模糊、畏光，有盲点，检查时可有眼底的白色分泌物，或伴出血，有典型的Rota点，即圆形或卵圆形白斑（在眼底）。也可出现慢性色素膜炎、前房炎症、虹膜炎等；中枢神经系统念珠菌感染，可发生脑膜炎、脑脓肿、脑血栓、念珠菌性动脉瘤、肉芽肿、真菌球、出血、坏死等改变，产生相应症状；念珠菌性心内膜炎。与细菌性心内膜炎的症状相似，如发热、疲乏、体重下降、食欲减退等。常与静脉中心导管术有关。可伴有反复的肺部血管栓塞，出现咳嗽、咳痰、胸膜疼痛，也可以见到播散到全身的损害，如脑、肝、脾、肾、皮肤等处损害。
念珠菌菌血症和败血症：菌血症常是一过性的，可能有病灶，通过血行播散至它处，如机体抵抗力强，菌可被消灭。因此，血培养有时阳性有时阴性；败血症病情严重，高热，呈弛张热，血培养阳性，并可见多处病灶，可播撒至身体各处，病情严重，预后较差。
播散性念珠菌病：常见为急性血行性播散，一般是单个器官播散，如引起脑膜炎或心内膜炎、肺炎、腹膜炎、内眼炎、泌尿系统感染等。原发灶可以是肺，也可以是其他系统性念珠菌感染。血培养阳性。与肿瘤、烧伤、器官移植、外科手术、导管术、静脉高营养、白细胞减少症、艾滋病等因素有关。部分病例是多器官播散，病情严重，发冷、发热，为弛张热，可引起低血压。发热可以逐渐发生，也可突然发生，也有的无发热而身体逐渐消瘦。
慢性播散性念珠菌病：也称肝、脾念珠菌病。发热，抗细菌抗生素无效，肝功能及X线检查无异常，常发生于白血病等疾病或不增生性贫血的病人。以后白血病等好转，但发热、厌食、消瘦、体重下降持续发展，肝、脾肿大，右上腹疼痛，肝功能正常，但CT检查，肝、脾内可有多数病灶。
