研究生毕业后档案袋里少了张本科毕业的报到证，人事的工作人员说这会影响以后的工龄，是哪出了问题怎么办

我08年本科毕业，毕业后复习了一年，09年考上了研究生。在这复习一年期间，我把我的档案送到我家这的人事代理一年，09年考上研究生之后，档案转到了学校三年，今年（12）年毕业，我的档案就由学校退回到我的生源地。
我今天有时间去接着办理我的档案人事代理，可是工作人员发现档案里的本科时的报到证没有了，只有研究生的毕业报到证。
按理说，档案里本科、研究生两个报到证都有，可是不知道是不是学校的问题给我把本科的报到证拿走了。
大家都知道，我们把档案做了人事代理是计算工龄的，我08年开始应该计算为工龄，与此同时我的研究生三年也算到工龄之内。而工作人员说，如果没有了本科的那张报到证，我的工龄就从研究生毕业开始那年算，之前的不仅办理人事代理的费用白交了，而且研究生这三年也不算工龄了。因为没有了这个证，我前后四年工龄就不作数了。而且可能还涉及到什么干部身份的（这些我就不是特别清楚了）。
档案这东西从来不是本人经手的，只能说是人事局和学校动过，现在人事的说打开档案里面没有本科的，只有研究生的报到证，少了一个，不知道是不是学校给拿了出去。但是现在都毕业好几个月了，估计学校那边也不能给完全解决这个事，因为报到证这个东西，要是补办或者怎样得经过省里的。
本科毕业都四年了，我上网查说超过了补办报到证的期限，只能开个证明。可是这个证明能有用么。
我想知道有没有懂的人，告诉我都应该是什么程序，接下来应该是怎么做。我该找谁，省教育局？人家都是接受大集体的业务，能给我个人解决这个问题么。
好端端的，少了一个材料，不是我的原因，还得自己解决这个事。天灾人祸啊。
有没有能人，帮忙告诉我一下接下来该怎么做。

现在只能开个证明了，去本科毕业时的档案管理地点，让他们证明你当时确实手续全，去报到了。干部身份现在去事业单位和公务员才有用，你的情况是，你有研究生毕业，你就是干部身份了，这个倒不用着急，能找到本科毕业的证明最好了，4年虽然按工龄算不长，但是这4年牵扯到了带薪年假，带薪年假不是按你在单位的工作年限算，是按你的总的工龄算。
如果你毕业的时候人事代理接收了，说明你里面不缺东西，如果缺东西当时就找你了。你的本科报到证丢失的情况有三个可能，一个是你上研究生转档案的时候，人事代理整理档案的给弄丢了，一个是你研究生毕业的时候，学校整理档案时给你弄丢了，第三个可能是人事代理接收了你档案后，给弄丢了。其实每次转档案的时候档案袋的皮上都有材料清单，档案里面也有份清单，找人看下清单，就能知道再什么时候没的，有的单位核对完了没问题，清单可能也就抽出来了，或者换了档案袋，原来的档案袋也没保留，这样就不可能查到清单了。

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