食品流通许可证在食品药品监督管理局办理。2015年11月10日食品流通许可证已经被废止，取而代之的是食品经营许可证，其证件也是在食品药品监督管理局办理。
根据《食品经营许可管理办法》第六条 国家食品药品监督管理总局负责监督指导全国食品经营许可管理工作。县级以上地方食品药品监督管理部门负责本行政区域内的食品经营许可管理工作。省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门可以根据食品类别和食品安全风险状况，确定市、县级食品药品监督管理部门的食品经营许可管理权限。
扩展资料：
《食品经营许可管理办法》第十二条 申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可申请书；
（二）营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；
（三）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
（四）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
参考资料来源：驻马店药监局——食品经营许可管理办法
参考资料来源：百度百科——食品流通许可证
食品流通许可证办理单位：由当地的食品药品监督管理部门进行审批和办理。
从2014年3月1日开始，食品流通许可证不再由工商部门负责发放，而由当地的食品药品监督管理部门审批和管理。
办理程序：
1、从业人员要到当地的卫生防疫部门抽血化验办理个人健康证，7天左右，费用100元左右，如果是小型的超市商店，负责人办一个就可以了，如果是大型的最好主要的骨干都要办理。
2、确定一个固定的经营场所，和房东签订租房协议（自有住房提供房产证），留下房产证的复印件。
3、经营者本人持身份证到当地工商部门审核一个名称，工商部门审核通过后，出具名称预先核准通知书
经营者持身份证复印件、名称预先核准通知书到当地食品药品监督管理部门申请食品流通许可证，食品药品监督管理部门除了上面三项外还会要求提供下面思四项材料：
负责人及食品安全管理人员的身份证复印件（负责人及食品安全管理人员最好都是经营者本人，大型企业可以分开设置。
与食品经营相适应的经营设备、工具清单。
与食品经营相适应的经营设施空间布局图。
卫生间平面分布图，一般含有消毒池一个，清洗池两个，消毒柜一个。
食品经营者承诺书、食品安全管理制度（这二项内容可由食品药品监督管理部门提供，经营者复制后打印出来就行），在网上搜到下载。
