在手册核销时，是有可能会产生负数的。
核销证明出具的是一个"调整金额"，它是根据“应参与计算金额”－“已参与计算金额”对比自动计算出来的一个调整数。
开具免税证明的目的主要就是为了计算两个“抵减额”。
按财税[2002]7号文的规定，两个抵减额的计算是根据直接出口产品所耗用的进口料件金额*出口产品征退税率差（或退税率）计算得出的。但在软件设计上由于无法得知进口的料件用于何种出口产品，也就无法得知其适用的征退税率是多少，因此在实际操作过程中两个抵减额的计算就分为两步计算了。第一步：软件会开具一个日常证明，即根据企业当月录入的进口报关单金额*手册登记时的征退税率（或退税率）计算两个模拟抵减额暂时参与免抵退税额计算。
但如此操作起码存在如下两个问题：
一是企业申报录入进口报关单不管用于直接出口还是用于转厂出口均参与了两个抵减额计算，如果企业有转厂出口业务并存，则日常证明的开具必然会导致企业平时参与免抵退税额计算的两个抵减额多计算了。
二是企业手册登记时只能录入一个征退税率，但企业出口产品可能有多种征退税率，因此日常证明中两个抵减额的计算只按手册登记时的征退税率计算，也必然会导致计算的结果与实际有偏差的情况发生。由于有了上述数据计算上的偏差，所以才会有如下第二步数据的调整。第二步：软件会开具一个核销证明，即根据整个手册的进出口情况计算出一个实际分配率，再用整个手册的直接出口额*实际分配率来计算出整个手册直接出口实际耗用的进口报关单金额，再按此进口金额与对应的出口产品的真实征退税率计算整个手册“应参与免抵退税额计算的两个抵减额”，与日常证明中“已参与免抵退税额计算的两个抵减额”进行对比，计算出一个“应调整的抵减额”出来，这就是免税证明报表中的＂不得免征和抵扣税额抵减额＂栏产生的哪一个负数。这是合理的，而且是必要的。至于产生不得抵扣税额而导致产生应交税金也是正常现象，它是出口产品征退税率不一致而产生的必然结果。企业其实可以按如下公式大致估算一下其金额：免抵退不得免征和抵扣税额=（直接出口额-直接出口耗用的进口料件金额）*（出口产品征税率-出口产品退税率）。
核销证明出具的是一个"调整金额"，它是根据“应参与计算金额”－“已参与计算金额”对比自动计算出来的一个调整数。
开具免税证明的目的主要就是为了计算两个“抵减额”。
按财税[2002]7号文的规定，两个抵减额的计算是根据直接出口产品所耗用的进口料件金额*出口产品征退税率差（或退税率）计算得出的。但在软件设计上由于无法得知进口的料件用于何种出口产品，也就无法得知其适用的征退税率是多少，因此在实际操作过程中两个抵减额的计算就分为两步计算了。第一步：软件会开具一个日常证明，即根据企业当月录入的进口报关单金额*手册登记时的征退税率（或退税率）计算两个模拟抵减额暂时参与免抵退税额计算。
但如此操作起码存在如下两个问题：
一是企业申报录入进口报关单不管用于直接出口还是用于转厂出口均参与了两个抵减额计算，如果企业有转厂出口业务并存，则日常证明的开具必然会导致企业平时参与免抵退税额计算的两个抵减额多计算了。
二是企业手册登记时只能录入一个征退税率，但企业出口产品可能有多种征退税率，因此日常证明中两个抵减额的计算只按手册登记时的征退税率计算，也必然会导致计算的结果与实际有偏差的情况发生。由于有了上述数据计算上的偏差，所以才会有如下第二步数据的调整。第二步：软件会开具一个核销证明，即根据整个手册的进出口情况计算出一个实际分配率，再用整个手册的直接出口额*实际分配率来计算出整个手册直接出口实际耗用的进口报关单金额，再按此进口金额与对应的出口产品的真实征退税率计算整个手册“应参与免抵退税额计算的两个抵减额”，与日常证明中“已参与免抵退税额计算的两个抵减额”进行对比，计算出一个“应调整的抵减额”出来，这就是免税证明报表中的＂不得免征和抵扣税额抵减额＂栏产生的哪一个负数。这是合理的，而且是必要的。至于产生不得抵扣税额而导致产生应交税金也是正常现象，它是出口产品征退税率不一致而产生的必然结果。企业其实可以按如下公式大致估算一下其金额：免抵退不得免征和抵扣税额=（直接出口额-直接出口耗用的进口料件金额）*（出口产品征税率-出口产品退税率）。
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