实际上，最符合一般人认知的科学理论是亚里士多德时期的自然哲学，这是因为亚里士多德的时期的自然哲学是基于日常经验的，说白了就是平时看到了什么就下什么样的结论。
自从哥白尼革命之后，现代科学逐渐发展起来，有很多科学理论就开始超乎一般人的现象。就拿自由落体来说，一般人都会认为重的先落地（我这里指的是没有受到过教育的人），这是因为平时我们先到的现象就是这样。
而现代科学发展初期的反常识的本质来自于对于实验变量的控制，这也就是为什么控制变量法对于科学探求十分重要的原因，当伽利略排除各种干扰得出“同时落地”的结论时，其实是很反常识的，但它就是真实的，现在的航天员到了外太空还经常要做这类的实验。而到了20世纪，科学理论的恐怖之处有两点：1，尺度2，“不确定性”。先说说尺度，到了20世纪，相对论理论的适用范围是大尺度，尤其是速度快，引力大的尺度，而量子物理则是适用于小尺度，亚原子级。前者比宏观低速的世界大了十亿倍，后者比宏观低速的世界小了十亿倍。（虽然两个理论也可以适用于宏观低速，但是用起来比较麻烦）让人费解的是，到了大尺度，连时间和空间都变了，速度快起来，时间会膨胀，空间会缩小。这其实挺毁三观的，也是我们这种生活在宏观低速的人无法想象的。
而到了小尺度，更匪夷所思的来了，那就是亚原子的世界充满不确定性，甚至连测量或者观测都会影响到这个世界，这种不确定性让人类感到匪夷所思。人类是喜欢确定性的东西，所以，我们很热爱因果关系，凡事必提因果性。
但20世纪的科学理论都在颠覆因果律，旧三论，信息论，控制论，系统论。其中香农给信息的定义竟然就是：息是用来克服不确定性的。还有，我们熟悉的蝴蝶效应，其实叫做混沌理论，这理论告诉我们，初始值只要有一点点偏差，结果就会很不一样。科学家进一步发现，一个有序的系统的终局也会变得极其复杂，充满不确定性。
我们可以举一个常见的例子，那就是沙堆。如果你一粒粒地放沙子，你能知道具体哪一颗会塌么？不仅仅你不可以，现在的科学家也做不到。你能想象一个不存在因果的世界么？但世界就是如此，从微观，再到宏观，再到大尺度，它就是不确定性的。让人绝望的是，你看的世界，根本不是世界的本质。而世界的本质由于不确定性，你根本无法探知到。爱因斯坦说过：上帝不掷骰子。其实就是因为他也无法接受世界的本质竟然是不确定性。如此伟大的科学家都无法接受，何谈一般的人。
