房产继承：父亲房子的房产证遗失，分给母亲的房子想办房产证和土地证，怎么办？

先排排家谱。父亲、母亲、我（男）、大哥、两个妹妹，父母的长辈都已不在。
父母感情不和分居多年，后大家伙一起起草了一份书面协议，协议约定：大哥赡养父亲，我赡养母亲，互不干扰，父亲把名下的房产及房屋内财产一分为二，一份留给自己，一份留给母亲（当时并未直接将房产证和土地证分开），此份协议父母、我、大哥、两个妹妹及妹夫都有签字，另有原村委会主任签字做证明人。现在父亲已去世多年，母亲身体不支，想立遗嘱将她自己的房子百年之后给我，但发现父亲的房产证和土地证不见了（房产证上应该是单单父亲的名字）。

我想咨询的是：
1、凭这份协议去房管所补房产证和土地证并且将房产证和土地证分开可以吗？还是需要别的文件？
2、母亲要将她的房子给我，应该立哪些字据或文件？
3、可以在这次补办房产证和土地证过程中直接将母亲的房子过户给我吗？
4、最好能最大限度的节约费用，比如说不用做继承公证。（继承遗产，做个公证国家都要收钱，无语！）
5、以上问题涉及哪些法律文件？请麻烦告知，我自己也要仔细看看！以便维护权益。

期待专业律师为我解惑，不胜感激！