企业增值税可以由第三方代缴吗？

有啊，比如境外的单位或者个人在境内提供应税服务，但是在境内未设有经营机构的，以其代理人为增值税扣缴义务人；在境内没有代理人的，以接受方为增值税扣缴义务人。
比如，国外的A卖了个产品给国内的B，如果A在国内有分支机构C，那就是C来代扣代缴增值税税；如果是A在国内有一位代理人D，那就是通过D来代扣代缴增值税；但是如果A在国内都没有，那就是购买方B实行代扣代缴增值税了。

我国企业所得税法将企业分为居民企业与非居民企业，其中居民企业就来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税。
非居民企业又分为在中国境内设立机构、场所的与在中国境内没有设立机构、场所的两种，前者就来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税，税率为25%。后者就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税，税率为10%。
在中国境内设立了机构、场所的非居民企业由其境内机构纳税，如果是没有在中国境内设立机构、场所的非居民企业则由其境内代理人或机构代扣代缴