因为免抵退税额是出口货物可退税的限额。当期期末留抵税额大于当期免抵退税额，多出来的部分可能是由本期进货大于本期销货造成的，与出口无关，故不能退税。
免抵税额就是出口应退税额抵顶内销税额的部分，这部分是不退税的。从另一个角度考虑，假如这部分退税，那么内销那部分就要交税。这样此部分不退，内销相应的部分也不交，就两相抵了。
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如果企业当期既有出口又有内销，则首先以出口应退税额抵顶内销货物应纳税额。但是抵顶过程可能存在两种情况：
一、不需抵扣，当计算的内销部分应纳税额小于零，这时实际上不需要抵顶，所以当期应退还全部出口应退税额，企业当期期末留抵税额为正；
二、计算出的内销部分应纳税额为大于等于零，这时就先以出口应纳税额抵顶，抵顶的结果也存在两种情况，一种是抵顶之后当期不需要再纳税，即抵顶有余，但是还有未抵顶完的应退税额，这时就将未抵顶完的应退税额退还企业。
这部分应退税款在金额上等于计算的企业当期应纳税额，这种情况下抵顶金额等于名义应退税额（即免抵退税额）与实际退税额之间的差额，这种情况下期末无留抵税额。
因为在企业计算出当期应纳税额大于0时，就不涉及出口退税，证明出口货物的应退税额全部被抵顶了，内销的应纳税额还有余额，那么就对于剩余的这部分没被抵顶的内销应纳税额还是要上缴的。
在企业计算出当期应纳税额小于0时，才会涉及出口退税。
在这个时候，内销的应纳税已经全部被出口应退税额冲抵掉了，而出口应退税还存在没有被抵完的金额。当期应纳税额出现负数时，需要进一步追究造成负数的原因。需要计算“免抵退”税总限度，并将负数的绝对值与限度进行比对，哪个小，就用哪个数作为退税数。
因为计算的负数应纳税额到底是因为出口货物的进项税额（理论应退税额）引起的，还是因为当月突击采购，使得全部进项增加引起的，所以在此要比较。
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免抵退税不得免征和抵扣税额的计算：
免抵退税不得免征和抵扣税额=当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×(出口货物征税税率-出口货物退税率)-免抵退税不得免征和抵扣税额抵减额，
免抵退税不得免征和抵扣税额抵减额=免税购进原材料价格×(出口货物征税税率-出口货物退税率)。
免税购进原材料包括国内购进免税原材料和进料加工免税进口料件，其中进料加工免税进口料件的价格为组成计税价格。国内购进原材料是指开具进料加工免税证明业务所涉及符合国家政策规定的国内购进免税原材料。
进料加工免税进口料件的组成计税价格=货物到岸价格+海关实征关税+海关实征消费税。
本回答被网友采纳例：极端情况：期初应交增值税余额为0，当期出口为0，免抵退税额为0，当期销售10万元，销项税额1.7万元，当期购货20万元，进项税额3.4万元，1.7万元期末留抵数大于免抵退税的数字，不能申请退税。本回答被提问者采纳
