Python是一种开放源代码的脚本编程语言，这种脚本语言特别强调开发速度和代码的清晰程度。它可以用来开发各种程序，从简单的脚本任务到复杂的、面向对象的应用程序都有大显身手的地方。Python还被当作一种入门程序员最适合掌握的优秀语言，因为它免费、面向对象、扩展性强同时执行严格的编码标准。
Python是免费的
Guido van Rossum于1990年开始开发Python，最初的目的无非是一个自娱的项目。作为Monty Python的飞行马戏团节目的爱好者，他给自己开发的这种编程语言起了现在这个古怪的名字，中文意思就是大蟒。Python最初设计为一种取代 Amoeba分布式操作系统ABC的脚本语言，但不久这种新型编程语言很快就发展成可以解决相当多问题的利器，现在更引入到了多种平台。
Guido目前还是Python软件基金会的主席。该组织按照GNU公共许可协议的要求拥有Python的知识产权和许可权。Python可以用在多种平台上，包括Windows、Macintosh和各种常见的UNIX系统。另外针对PalmOS 和微软的Pocket PC的相应版本也在开发中。
一行python画Manhattan plot与QQ plot
输入数据格式为gwas sumstats，包含染色体（CHR）、位置（POS）与p值三列即可。使用mqqplot函数绘制图。为提升视觉效果，提供多种自定义选项。包括：1. 使用cut选项调整轴的比例，便于显著SNP的展示。2. anno选项自动生成注释，基于预设窗口大小或自定义窗口大小。3. colors选项调整颜色方案，维持视觉一致...
如何使用python绘制gwas分析中的曼哈顿图和qq图
一共是4列（逗号分隔），分别为：[1]染色体编号，[2]SNP rs 编号，[3] 位点在染色体上的位置，[4]显著性差异程度（pvalue）。在本例曼哈顿图中我们只需要使用第1,3和4列；而QQ图则只需要第4列——pvalue。下面先从绘制曼哈顿图开始。我们先将需要的数据读取到一个列表中，可以这样做：import ...
利用GWAS数据绘制曼哈顿图
要创建曼哈顿图，首先需要安装和加载"qqman"包，然后利用内置的数据集gwasResults进行基础绘图，如`manhattan(gwasResults)`。要增强图的定制性，可以调整参数，如添加标题`manhattan(gwasResults, main="Manhattan Plot")`，设置Y轴范围`ylim=c(0,10)`，改变颜色`col=1:22`，甚至移除阈值线`suggestivel...
GWAS分析中可视化:qqman和cmplot
为了使用这些包，首先需要安装它们。对于 qumman，执行命令“install.packages("qqman")”即可。如果要使用 cmplot，则需运行“install.packages("cmplot")”。qqman 提供了一个直观的界面来绘制 QQ 和曼哈顿图。只需要提供 P 值数据，即可快速生成 QQ 图。在绘制曼哈顿图时，可以通过指定染色体、物理位置...
如何使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图
如何使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图 sqlplus \/ as sysdba startup 这些命令在linux下是好用的 但是在windows下只要启动了oracle服务，数据库就已经被启动了，即使你使用shutdown关闭数据库后你要想再重新启动oracle必须先关闭win服务在启动才可以，使用startup是不可以的。plink不用安装，直接运行...
利用GWAS数据绘制曼哈顿图
绘制曼哈顿图的步骤相当简单。首先,需要安装并加载"qqman"包,然后读取内置的数据集,如gwasResults,其中包含SNP-id、染色体、位置和P值。通过调用manhattan函数,我们可以直接使用默认参数生成基本图形。如果想要个性化定制,可以调整标题、Y轴范围、点的大小、X轴标签字体以及颜色等参数,这些操作与R中常规plot函数的参数设置...
如何使用python绘制gwas分析中的曼哈顿图和qq图
Python的创始人为Guido van Rossum。1989年圣诞节期间，在阿姆斯特丹，Guido为了打发圣诞节的无趣，决心开发一个新的脚本解释程序，做为ABC 语言的一种继承。之所以选中Python（大蟒蛇的意思）作为程序的名字，是因为他是一个叫Monty Python的喜剧团体的爱好者。ABC是由Guido参加设计的一种教学语言。就Guido...
R语言学习笔记(五)——曼哈顿图
3. CMplot功能CMplot包功能更为丰富，它能绘制SNP密度图、曼哈顿图和qq图。不仅支持单性状，还能通过环形曼哈顿图同时展示多个性状。如pig60K示例，展示了多性状的环形曼哈顿图的优势。4. 总结qqman适合初学者，功能单一，而CMplot则适合需要更多定制选项和多性状展示的用户。推荐使用CMplot进行GWAS结果的...
我的GWAS高级曼哈顿图折腾过程
其中 site.text.info 如下格式（第四列没有用到）现画高级点的GWAS的曼哈顿图，主要要点如下：1、RectChr多层，各层高度可以设不同，chr横放，其中chr间隙小点 2、Gwas的点层用point（PType = point）来画,高度高点（ChrWidth=100），不画背景（crBG="#FFFFFF"）,和设置一下阈值线（Cutline=5）...
如何使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图
如何使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图 Python是一种开放源代码的脚本编程语言，这种脚本语言特别强调开发速度和代码的清晰程度。它可以用来开发各种程序，从简单的脚本任务到复杂的、面向对象的应用程序都有大显身手的地方。Python还被当作一种入门程序员最适合掌握的优秀语言，因为它免费、面向对象、...
