1、学校类别不同
西湖大学是非营利高端科研机构，而南方科技大学是公立大学。
2、专业数量不同
西湖大学将分批规划设置生物学、生物医学工程、药学、物理学、数学、化学、基础医学、计算机科学与技术、电子科学与技术、光学工程、材料科学与工程、机械工程等12个一级学科，但主要还是集中在理学、生命与健康、前沿技术3个学科门类。随着大学的发展，西湖大学将适时设立人文社科学院和相关学科。
南方科技大学设置了18个院系中心，开设了29个本科专业。
3、创办时间不同
西湖大学的前身为浙江西湖高等研究院（成立于2016年），由清华大学副校长施一公教授、南方科技大学校长陈十一教授、中国科学技术大学常务副校长潘建伟教授、北京大学理学部主任饶毅教授等科学家发起筹建。2018年2月14日，教育部正式批复同意浙江省设立西湖大学。
2010年12月，教育部同意筹建南方科技大学。2012年4月，教育部同意建立南方科技大学，并赋予学校探索具有中国特色的现代大学制度、探索创新人才培养模式的目标。
西湖大学是私立高校，南方科技大学是公办院校。
西湖大学是浙江省杭州市提出将筹建的一所私立研究型大学，该大学预计借鉴美国加州理工大学的规模和斯坦福大学的办学理念，秉承"高起点、小而精、研究型"的办学定位，聚焦理学、生命与健康、前沿技术等方向设立一级学科;由国家"千人计划"专家或其他顶尖人才领衔组建相关院系，首先以研究院的名义完成博士研究生的招生，偏重理工科，随后面向本科生。
南方科技大学（South University of Science and Technology of China），简称“南科大”，是国家高等教育综合改革试验校，是由广东省领导和管理的全日制公办普通高等学校，是深圳市创办的一所创新型大学。
2011年3月20日，“南方科技大学春季开学典礼”在深圳南方科技大学本校举行，首批自主招生的45名学生及学生家长、有关领导以及特别邀请的专家学者200余人出席了典礼仪式。
2. 西湖大学是私立高校，还没有正式成立，所以专业的设立主要集中在生物相关的研究生方向上（能出更好的科研成果）；南方科技大是公办的，目前本科生和研究生（硕博士）比例是10:1左右；
3. 西湖大学还没正式成立，同时也为了让自己活下去，摊子不能铺得太大，对应的办学规模也较小，而且从办学者的话中可以看出以后的办学规模学不会非常大，目前南科大已经具备一定的规模；
4. 两所学校都从办学的体制上进行创新和突破，但是还有一些区别:西湖大学是教授治学，南科大行政主导还占一定程度；本回答被网友采纳
南方科技大学是国家出资建立的一所公立性高校，旨在探索具有中国特色的现代大学制度、探索创新人才培养模式。而西湖大学则是一所私立高校，是由国内诸多科研大牛、企业家共同建立，其借鉴的是美国加州理工大学的办学规模和斯坦福大学的办学理念。
2、教育改革、办学理念、追求不同。
南方科大朱时清提出“自主招生、自授学位，去行政化”三大口号，探索中国教育改革。西湖大学的办学理念“民办的、研究型的、有望在相对较短的时间内成为世界一流的小型综合大学”。追求其实区别不大，都是短期内成为世界一流的研究型大学。
