清关文件的发票，箱单可以以工厂的抬头做吗? 出口报关时以有进出口权的贸易公司做的。

这个要看你合作的贸易公司代理你报关是直接代理还是间接代理了，直接代理的话就用你们工厂的抬头，间接代理的话全部是贸易公司自己的抬头。

清关文件的发票，主要是递交给海关看的，需要和经营抬头，发货单位一致！而且已进出口公司的抬头做的清关文件，不退税是没有问题的。除非是工厂自己退税，自己退税的话需要提供自己的经营抬头（需要有进出口经营权）。