我公司验资结束后就把注册资金取出，相当于基本户里是空头的,我怎么做会计分录

典型的抽逃资本，违反了公司法的规定，工商查出要罚款、吊销营业执照的。关于帐务处理，你还不能“借”实收资本，那样你就成空壳了。暂按预付帐款处理吧，（与**公司签定一个订货的假合同）
借：预付帐款-**公司
贷：银行存款

等老板有钱了再收回，时间不能过长，或许能侥幸过关。

是要受处罚的 ， 快点补上吧

添你老板个人借款。。然后在年检前把钱还上。。。。要不就等着罚款吧。。。抽逃资金。。。