不一定要在本公司的开户行进账。同一个银行的其他支行不能办理，只能到本人或对方开户行办理。
可以在本人公司的开户行和对方单位的开户行去办理，但背书有所不同。在本人公司开户行进帐时背书要盖预留的银行印鉴，填写开户行名称、时间、委托收款，在对方开户行办理时背书只填写本人公司的名称、开户行、账号、时间，均填写进账单。
扩展资料：
一般来说，异地支票的清算由于涉及的单位和环节较多，款项到账时间较同一城市范围内的支票可能稍长，确切的时间则因持票人采用的提示付款方式而有所差异。
当持票人委托自己的开户银行收款时，由于开户银行需要将支票的相关信息通过支票影像交换系统提交给异地的出票人开户银行，信息传递时间因银行采用的业务处理模式不同而有所不同。
中国人民银行规定，在支票影像交换系统将支票信息转发后的2个工作日内，出票人开户银行必须按规定支付支票款项，并通知持票人的开户银行。所以，根据收、付款银行的处理方式不同，持票人最早可在2-3小时之内收到款项。
一般最长在银行受理支票之日起3个工作日内可以收到异地支票款项。当然，客户也可以直接咨询开户银行，了解比较确切的资金到账时间。
如果持票人选择向出票人开户银行提示付款，支票款项的到账时间会根据持票人和出票人开户银行的约定而有所不同，最短的在1小时之内可以到账，最长的可能为1至2天。
参考资料来源：央视网——人民银行就实现支票全国互通使用有关问题
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