（一）办会室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担保密、信访、督察督办、综合调研、综合性文件起草等工作，承担人大代表建议、政协委员提案的协调办理工作；承担机关财务和后勤管理工作。
（二）政策法规处
组织起草交通运输方面的地方性法规和省政府规章草案；承担厅机关及直属单位规范性文件的合法性审核及备案工作；负责交通有关执法监督检查工作；负责行政处罚、行政复议、行政应诉和行政赔偿工作；指导全省公路、水路行业有关体制改革和节能减排工作，承担新闻宣传和指导全省交通行业精神文明建设工作。
（三）综合规划处（省交通厅交通战备办公室）
组织编制全省综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织编制全省公路、水路、地方铁路行业发展战略和规划，组织编制、上报和下达公路建设和养护工程、运输场站及港口建设工程投资项目年度计划，并监督实施；负责省重点交通基础设施建设项目的前期工作和后期评价工作；承担有关规划和建设项目的审核工作；拟订公路、水路行业有关投资政策；负责交通运输行业有关统计、信息工作；承担有关岸线使用、环境保护、利用外资工作；承担全省交通战备工作有关公路、水路交通保障方面的职责。
（四）财务审计处
拟订公路、水路行业有关融资政策和财务、会计、审计工作制度并监督执行；承担专项资金的预决算、信贷和政府采购有关工作；负责交通建设资金的筹集、使用和监督管理工作；配合有关部门负责管理公路、水路、地方铁路运价和收费项目；指导全省交通系统审计工作，按规定对交通专项资金进行审计监督；负责有关国有资产管理工作。
（五）综合运输处
参与涉及综合运输体系有关重大问题的协调工作；指导城市地铁和轨道交通运营管理；按规定组织协调有关重点物资运输和紧急客货运输。
（六）基本建设处（招投标管理办公室）
组织拟订公路、水路基本建设管理的相关政策、制度和技术标准并监督实施；承担全省公路、水路建设市场监管工作；承担公路、水路重点工程项目的设计审批、施工许可、实施监察和竣工验收工作；承担公路、水路工程建设项目招投标、工程建设质量、工程造价、企业资质等有关监督管理工作。
（七）安全生产监督处（应急办公室）
组织拟订并监督实施公路、水路安全生产政策和应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设，并参与应急处置工作；承担公路、水路运输行业和公路、水路工程建设的安全生产监督管理工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作。
（八）科技外事处
组织拟订全省公路、水路行业科技、教育、信息化政策并监督实施；组织有关重大科技项目的研究；负责有关标准、质量和计量工作；负责有关外事工作。
（九）人事处
负责厅机关及直属单位的机构编制和人事、劳动工资管理工作；负责厅直属单位领导干部管理；组织厅机关及直属单位干部教育培训工作。
（十）省铁路建设管理办公室
承担省政府委托的省内铁路建设征地动迁的组织协调工作和后期运营的协调管理工作。
（十一）离退休干部处
负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
（十一）机关党委
负责厅机关和直属单位的党群工作。
（十一）纪检组、监察室
合署办公，负责纪检和行政监察工作。
