许多现代的伦理学家，包括天主教徒或非天主教徒在内，开始主张阿奎纳的美德伦理概念可能可以用作取代康德的功利主义学派。透过许多20世纪的哲学家，例如伊利莎白·安司孔（Elizabeth Anscombe）等人的著作，阿奎纳在有关行为意图的理论上也变的相当具影响力。
值得注意的是阿奎纳的美学理论，尤其是“明白”（claritas）的概念，极大的影响了现代作家詹姆斯·乔伊斯的文学风格，乔伊斯赞美阿奎纳是西方哲学里排名第二的哲学家，仅次于亚里士多德。阿奎纳的美学概念的影响也可以在意大利符号学家翁贝托·埃可的作品里观察到，埃可也写了一篇有关阿奎纳的美学概念的论文。
数个世纪以来有许多阿奎纳的传记被出版，其中最知名的是由却斯特顿写成。
托马斯的神学和哲学思想，集中概括在他的主要著作《神学大全》中。这部标志托马斯主义的著作分为三部分，包括38篇论文，631个问题，3000个条目和10000个异论，是一部中世纪经院哲学的百科全书。除此之外，托马斯的著作还有：《伦巴德箴言四书注释》、《论存在与本质》、《反异教大全》、《亚里士多德形而上学注释》等。 托马斯的认识论思想基本上是继承亚里士多德的观点，而表现出明显的反柏拉图的倾向。他从知识与信仰的区分出发，在神学范围内探讨了人的认识能力所占据的地位，分析了感性与理智的关系，并提出了自己的真理观。
在托马斯看来，认识对象是和认识能力相应的。据此，托马斯将认识能力分为三种：第一种认识能力是感觉，它是一种物质机体的活动。每一感觉能力的对象都是存在于有形物质中的一种形式，这样的物质是个体化的本原，所以这种感觉的认识能力所取得的知识只能是个体的知识。第二种认识能力是天使的理智，这种认识能力既不是一种物质机体的活动，也和有形体的物质没有任何关系。这种认识能力的对象是脱离物质而存在的一种形式，天使的理智虽然也认识物质事物，但也只是从非物质事物（或从自身、或从上帝）的地位去认识。第三种认识能力是处于中间地位的人类理智，它不是一种机体的活动，而是灵魂的一种能力。此种认识能力用对种种影像进行抽象的方法来了解物质事物，从而通过这样的了解物质事物来获得某些非物质的事物的知识。在这三种认识能力中，属于人的认识能力是感觉和人类的理智。
关于感性与理智的关系，托马斯结合认识的发展过程来加以考察，指出：第一，知识来源于感觉。感觉通过感官与外物接触，主体接受客体而产生一种近似的“感觉印象”。这种印象被感觉传达到内部感官，将其分析、整理、综合成“形象”而获得具体的、个别的事物的认识。第二，人的认识并不能仅停留于个体的知识，停留于感性认识，还必须深化到理性认识，从而从个别物质中去认识其形式。第三，人类的理智分为“主动的理智”和“被动的理智”。主动的理智是灵魂的能动活动，它用抽象的方法去掉“形象”中有关感性的个别性、特殊牲成分，取出本质的普遍性、必然性，获得理智认识的理解形式即“理解印象”。“我们是以我们称为主动的理智的更高贵的主动力，采用抽象的方法，把从各种感觉所接受的幻象变成现实上可以理解的”。这种“理解印象”又被传达到“被动的理智”而成为“理性印象”。被动理智又去认识它，接受它，此后由被动转为主动而产生出“表象”。这种“表象”实际上就是概念。第四，因此，就感性和理智的关系而言，“理智的知识是由感觉引起的，但幻象不能凭自己使可能的理智有变化，它还必须依靠主动的理智来使自己变为在现实上可理解的。所以，决不能说感性认识是理智知识的总原因或全部原因，它只是在一个方面可作为原因看待”。
关于对真理的认识，托马斯指出，真理只在理智之中，理智中的真理就在于理智和所了解的事物一致。但这种一致有两种变化方式：一是事物并没有变化，但人对这事物的意见都发生了变化；二是事物发生了变化，但人对它的意见还保持原样。在托马斯看来，这两种变化方式都是从真实变为错误，因此，在人类理智中的真理之外，还需要有上帝理智中的真理。“上帝的理智中的真理是不变的”，它是一切物质事物赖以称为真实的真理，是完全不能变化的。 关于哲学与神学的关系，托马斯的老师大阿尔伯特认为，哲学的问题只能以哲学的方式来处理，而神学问题，例如三位一体、道成肉身、创世复活等，是自然的理智所无法理解的，因而只能用神学的方式来处理。托马斯从这种思想出发，进一步探讨了哲学与神学的关系，并进而得出了“神学高于哲学，哲学是神学的奴仆”的结论。
首先，托马斯继承老师大阿尔伯特的思想，具体论证了“除了哲学真理以外还需要有神学真理”。针对“有人反对在哲学以外还需要其他理论”的观点，托马斯认为，除了哲学理论以外，为了拯救人类，必须有一种上帝启示的学问。这是因为：第一，人都应该皈依上帝，皈依一个理智所不能理解的目的。所以，为了使人类得救，必须知道一些超出理智之外的上帝启示的真理；第二，即使人用理智来讨论上帝的真理，也必须用上帝的启示来指导。因为“凡用理智讨论上帝所得的真理，这只能有少数人可得到，而且费时很多，还不免带着许多错误。但是，这种真理的认识，关系到全人类在上帝那里得到拯救，所以为了使人类的拯救来得更合适、更准确，必须用上帝启示的真理来指导”。
其次，托马斯从思辨科学的分类入手，指出神学乃是“第一哲学”。托马斯说：“思辨科学的对象，本来就是对于物质和运动的抽象，或对此二者的理解活动。因此，思辨科学按照远离物质和运动的程度划分为不同的学科。”具体说来，就是物理学、数学和神学。其中，物理学又名自然学，它以“在存在和概念上依靠物质”的对象为研究对象，而数学则以“在存在上依靠物质，在概念上并不依靠物质”的对象（例如线和数）为研究对象。神学所研究的主要对象是上帝，上帝在存在上并不依靠物质，相反它能够离开物质而存在。研究上帝的神学是“第一哲学”，其他科学都从它取得自己的原则，都跟从它。
最后，托马斯进一步论证了“神学高于哲学，哲学是神学的奴仆”的结论。托马斯指出，神学分为思辨的神学和实践的神学，因而，“神学高于哲学”说的就是神学在思辨和实践两方面都超过了其他科学（包括哲学）。就思辨而言，神学之所以超过其他思辨科学，一是因为神学具有较高的确实性。神学的确实性来源于上帝的光照，而其他科学的确实性则来源于人的理性的本性之光，而后者是会犯错误的；二是因为神学的题材更为高贵，“神学所探究的，主要是超于人类理性的优美至上的东西，而其他科学则只注意人的理性所能把握的东西”。就实践来说，神学高于其他科学的原因在于：神学的目的在于永恒的幸福，而这种永恒的幸福则是一切实践科学作为最后目的而趋向的目的。
既然神学高于哲学，因而，神学就可能凭借哲学来发挥，但并不是非要它不可，而是借它来把自己的义理讲得更清楚些。“因为神学的原理不是从其他科学来的，而是凭启示直接从上帝来的。所以，它不是把其他科学作为它的上级长官而依赖，而是把它们看成它的下级和奴仆来使用：有如主要科学使用附属科学、政治学使用军事学一样”。哲学和其他科学都是神学的婢女。
值得注意的是，托马斯关于哲学与神学关系的说明蕴含着两个重要的思想前提。一是“对事物，从不同的方面去认识，就可得出不同的学问”。因此，我们也不应该禁止用上帝启示的学问去讨论哲学家用理智去认识的理论。二是“虽然超出人类理智的事物，用理智不能求得，但若有上帝的启示，凭信仰就可取得”。显然，这一思想渊源于大阿尔伯特，它标识着知识与信仰的区分。 在共相与殊相的关系问题上，托马斯遵循伊本西拿和老师大阿尔伯特的思想路线，指出“共相既在先又不在先”，并结合自己的认识论思想，从认识和事物的发展过程出发具体考察了这一结论。
首先，托马斯指出，一方面由于理智的知识在某一阶段上来源于感性的知识，所以，以殊相（单个的和个体的事物）为对象的感性认识先于以共相（普遍的事物）为对象的理智认识，故共相在后；但另一方面，人的认识（包括感性和理智）又是从潜能到现实、从“种”到“属差”的发展过程。例如，就理智而言，我们先确认一个对象是“动物”，然后才确认它是人还是狮子，所以，我们的理智认识动物总是先于认识人。同样，我们应用感性在判断较不普遍的东西之前来判断较普遍的东西，比如我们总是先看到一个人，然后才能看到是苏格拉底或柏拉图。“因此，我们得出结论：单独的、个体的知识，就我们来讲，它是先于普遍的知识，正如感性知识是先于理智知识一样。但就感性和理智二者而言，对较普遍的东西的认识则先于对较不普遍的东西的认识。”这就是说，从认识发生史来说，共相在后；就一个具体的认识过程来说，共相在先。
其次，托马斯指出“共相的性质可看作是和普遍性的概念在一起的”。这时，一方面由于普遍性的概念来自理智的抽象，所以这样的共相是在我们的已有知识之后获得的，故共相在后；但另一方面共相是潜在的东西，殊相只是由于分沾了潜在的共相而存在，故共相在先。
最后，托马斯还指出，“共相也可从它存在于个体中的性质本身（如动物性或人性）来看”。这时，如果我们经由发生先后和时间的次序来看，则较普遍的东西在自然次序内居先，例如，动物先于人产生。相反，如果我们从完善或自然意向的次序来看，则较不普遍的东西自然比较普遍的东西在先，例如，人比动物占先。总之，从现实发展过程来说，共相在先；从目的来说，共相在后。
托马斯结合自己的认识论思想来考察共相问题，显然比早期经院哲学大大进步了，在哲学史上具有重要的意义。但是，由于他坚持认为理念是事物的本质，理念决定具体事物的存在，因而，哲学史上称托马斯的这种唯实论为“温和的唯实论”。 上帝存在是经院哲学理论关注的中心，同时亦是托马斯神学哲学体系的基石。关于上帝存在，托马斯一方面指出上帝的存在与本质是绝对同一的，上帝的本质就已经包含了存在，所以上帝自身的存在是无需证明的。但另一方面托马斯又承认上帝存在对人类的理智来说并不是直接自明的真理，因而需要对此加以证明。具体到证明方法，托马斯又不赞同安瑟尔谟从纯粹概念推出上帝存在的本体论证明方法，而主张通过熟知的结果来加以证明，即采取后天的证明方法来证明上帝的存在。由此出发，托马斯在《神学大全》中提出了关于上帝存在的五种证明： “从事物的运动或变化方面论证”：在世界上，有些事物是在运动着，这在我们的感觉上是明白的，也是确实的。凡事物运动，总是要受其他事物的推动，因而任何运动都是由在它之前的另一个运动引起的，这样一直推论下去，“最后追到有一个不受其他事物推动的第一推动者，这是必然的”。此第一推动者就是上帝。 “从动力因的性质来讨论上帝的存在”：在现象世界中，我们发现有一个动力因的秩序。这里，我们决找不到一件自身就是动力因的事物。动力因，也不可能推溯到无限，因为一切动力因都遵循一定秩序。第一个动力因，是中间动力因的原因；而中间动力因，不管是多数还是单数，总是最后的原因的原因。如果去掉原因，也就会去掉结果。因此，在动力因中，如果没有第一个动力因（如果将动力因作无限制的推溯，就会成为这样情况），那就没有中间的原因，也不会有最后的结果。所以，必有一个最初的动力因，此最初的动力因就是上帝。 “从可能和必然性来论证上帝的存在”：世界万事万物都是存在，又是不存在，是可能性，又是必然性。而任何事物都是从其他事物获得其存在和必然性。照此推论下去，“我们不能不承认有某一东西：它自身就具有自己的必然性，而不是有赖于其他事物得到必然性，不但如此，它还使其他事物得到它们的必然性”。这个东西就是上帝。 “从事物中发现的真实性的等级论证上帝的存在”：世界上一切事物都在不同程度上是好的、真实的、高贵的，其标准就在于它们与最好、最真实、最高贵的东西接近的程度。“因此，世界上必然有一种东西作为世界上一切事物得以存在和具有良好以及其他完美性的原因。我们称这种原因为上帝”。 “从世界的秩序（或目的因）来论证上帝的存在”：世界上一切事物（包括生物）都为一个目的而活动，其活动总是遵循同一途径，以求获得最好的结果。显然，他们谋求自己的目标并不是偶然的，而是有计划的。如果它们不受某一个有知识和智慧的存在者指挥，那么它们也不能移动到目的地。“所以，必定有一个有智慧的存在者，一切自然的事物都靠它指向着它们的目的。这个存在者，我们称为上帝”。 托马斯关于上帝存在的五种证明，由于援引和改造了亚里士多德关于运动与变化、原因与结果、潜能与现实以及自然目的的学说，因而在形式上有不同于安瑟尔谟关于上帝存在的本体论证明的特点。但从本质上看，它仍遵循着中世纪唯实论所特有的思想路线——上帝是最好、最真实、最高贵的东西，所以，上帝存在。
托马斯作为经院哲学的集大成者，一方面清楚上帝存在是整个经院哲学理论的中心和基石，一方面也清楚关于上帝存在的证明有无法摆脱的难题，那就是“基督教信仰的上帝是无法验证的，上帝存在的基础在于信仰者的想象或思维之中，并没有客观的实在性”。
对于此难题，托马斯从知识与信仰的区分出发，一方面认为上帝的存在、三位一体，是不能凭借人类的自然的理性能力可以认识的，它只能是信仰的真理。另一方面，他又认为上帝的存在对于人类理智来说并不是直接自明的，因而需要加以证明。但是，“人的自然理性只能通过受造物去认识上帝。从受造物认识上帝是从结果推溯至原因。因此，人的自然理性所能认识的上帝，只是就其必然是世界万事万物的根源这一特点。前面论上帝，也只以此为根据”。借此，托马斯既运用人的自然理性能力证明了上帝的存在，同时又在表面上规避了人们对此种种证明的批评。因为在托马斯看来，人的自然的理性能力所证明的只是上帝一体性方面的事（指上帝必然是世界万事万物的根源这一特点），而不是三位一体，三位一体只属于信仰的领域。
这样一来，既然人的自然理性能力并不能完全证明上帝的存在，那么上帝的存在便只能由信仰的真理来加以担保了，而“信仰是对未见的事物的确断”。因此，托马斯企图证明上帝的存在，但这种论证不仅本身不成功，而且削弱了它的神学地位。 托马斯的政治思想是神权政治论，其核心是上帝高于一切，一切服务于上帝。他主张政治隶属于宗教，世俗服从于教会，皇帝受命于教皇，其实质是维护封建宗教神学和教会的利益。
首先，托马斯同意亚里士多德关于人是社会的动物的观点，指出人是天然要过政治生活的，人并不是仅仅依赖个人的理性以达到目的的单独个体，他生来就是社会或政治的存在，生来就同自己的伙伴一起生活在社会中。关于人的社会性的最显著的标志就是只有人通过语言中介来表达自己的思想，其他动物则只能用一般声音来表现自己的感情。
其次，托马斯指出，既然社会对于人是自然的，那么维护社会秩序的国家也是自然的，社会和国家都有神圣的正义和权威，国家既不是原罪的产物，也不是个人主义的结果，它的建立乃是为了公共的善。他承认，君主政体、贵族政体、民主政体都是好的形式，但是，人类社会中最好的政体就是由一人所掌握的政体，即君主政体。
最后，托马斯指出，教会的目的是追求超自然的善即认识上帝。超自然的善高于国家所谋求实现的公共的善，所以教会高于国家。归根到底，国家要听教会的使唤，国王是上帝的一个仆人。
