一开始主角会处于沙拉镇家中的二楼，首先，开启房间内的电脑，从电脑中取出一颗好伤药( 补血的道具 )以便不时之需。然後出家门，向上走到草堆，遇见大木博士，他会带您到研究所，然後请从桌上选择神奇宝贝 ( 三选一 ) 。选完後，小茂会选择克你属性的神奇宝贝，并中途把你拦下，跟他对战。打赢之後，走出研究所，再往北方走到道吉市，到商店取得包裹。回到沙拉镇，去研究所跟大木博士说话，他会给你神奇宝贝图鉴。跟小茂的姊姊 ( 右上方民宅 ) 说话，会给你地图。
在往上走1号路到上方的道吉市，然後向西边的22号道路走，会遇见小茂，和他对战。得胜后折回道吉市，
往上走，与途中的老伯谈话会教你捕捉神奇宝贝，并送你小型电视机。再往上走2号路到达道吉森林...
道吉森林内有许多的虫系神奇宝贝，运气好的话可以遇到皮卡丘，之後你会到达比尼市。 到达了比尼市，先去打道馆吧！这关道馆是岩石系的。
GYM 1
道主：小刚
使用属性：岩石系
小拳石 Lv.12
大岩蛇 Lv.14
到此镇右方，遇见一名博士，获得跑步鞋 ( B+方向键 )。
往右边走3号路，中途有些训练家，打败他们吧！
到达奥西米山...
奥西米山内侧可以获得一些道具，也会有许多训练家，小心！
到达最内侧後，有火箭队集团出没，之後打赢最里面的一个训练家，可以拿化石 ( 左边是化石盔，右边是菊石兽 ) 。
出了奥西米山洞窟，再向东走4号路，到那达市（车行），先提升等级，去挑战第二个道馆。
GYM 2
道主：小霞
使用属性：水系
海星星 Lv.18
宝石海星 Lv.21
挑战道馆胜利後，往那达市上方的桥，遇见小茂，打倒後可获得Voice Checker。（那达洞穴：超梦）
小茂：
比比鸟 Lv.17
克你的神奇宝贝 Lv.18
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凯西 Lv.16
小拉达 Lv.15
之後继续上桥，击倒桥上的训练家，在最後一个人手上取得( 金球 ) ...原来是火箭队装扮成训练家的模样，之後转右走25号路到尽头，进入一座小屋，和屋内的皮皮说话，再操作电脑以帮助皮皮恢复成人类的模样，他会给你( 船票 ) 。
接著，经过那达市的右上方被破坏的屋子，打倒火箭队，可得到技能机28 ( 挖洞 ) 。继续往下走5号路，中途有饲育屋，可饲养神奇宝贝，需要花钱。往地下通道走，走出後到达6号道路，往下走到库吉市。
库吉市中，神奇宝贝中心左边的屋子，有个人会给你( 破烂钓竿 ) 。
在神奇宝贝中心内跟柜台前的女士说话，会得到( Battle Searcher ) 。
到道馆上方的神奇宝贝俱乐部，跟大叔说话拿( 交换卷 ) ，回到那达市的脚踏车店可换取( 脚踏车 ) 。追答
去港口乘坐修依罗船吧！
走到二楼的尽头，与宿敌小茂对战。
之後去船长房间拿秘传机01 ( 聚合斩 ) 。
离开船，船便会开走...
拿到聚合斩以後就可以到此城镇的道馆。
调查附近垃圾桶的反应，连续两次选中道馆中藏有开关的垃圾桶，才能打开电磁门。
GYM 3
场主：马志士
使用属性：电系
雷电球 Lv.21
皮卡丘 Lv.18
雷丘 Lv.24
打完後到城镇上方跟一名研究员说话，然後去捕捉至少十只不同种的神奇宝贝，然後通过港口右方的地鼠洞穴，出去後往下走到一间大屋，问一名研究员拿秘传机05 ( 闪光 ) 。
回到那达市，将东边的树砍倒，到达最东边，有一个神奇宝贝中心，旁边是黑暗洞窟（依亚隧道）。而下方是无人发电厂，等学会了冲浪再进去，里面有闪电鸟。
进入黑暗洞窟用05 ( 闪光 ) 来照亮。
通过黑暗洞窟，向南走10号路，到达西奥镇，此镇有一栋很大的幽灵塔，先别进去，向西走8号路，穿越一间有地下道的屋子，之後7号路可到达西市。
达西市有一间大型百货公司，可以购得许多重要的道具。另外，进入游乐场上方的建筑物，与老奶奶说话可获得茶，便可进入东边的山野市！
注意，达西市有一栋大厦有後门，进入并上至顶楼可以获得伊布！
先别急著去山野市，赶紧先处理火箭队事件吧！
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到城镇里的游乐场，里面有很多人玩在游戏机，走到右上，发现有一位火箭队成员正在注视墙上的海报，跟他说话後与他战斗，战斗完後调查海报，开启秘密通道。
进入後跑到地下四楼，与左上方的火箭队成员战斗，战斗完後他会给你电梯锁匙，回地下二楼，通过方向地板到达对面，到达对面後，乘坐电梯到地下四楼，与门口的两名火箭队成员战斗，大门打开了，与里面的坂木老大展开决斗，获胜後，捡起地上的( 透视镜 ) ，以进入西奥镇幽灵塔之用。
乘坐电梯回到地下一楼，与最後两名火箭队团员战斗。离开游乐场，此时道馆门前已经没有人挡住，可进入去挑战了！
GYM 4
场主：莉佳
使用属性：草系
大食花 Lv.29
蔓藤怪 Lv.24
霸王花 Lv.29
获胜後，到西奥镇的幽灵塔，目的是为了消灭塔顶端的嘎拉嘎拉，以获得神奇宝贝之笛唤醒卡比兽。进入幽灵塔的二楼，会遇见小茂，进入战斗！
小茂：
比比鸟 Lv.25
凯蒂狗 Lv.23
勇吉拉 Lv.20
克你的精灵 Lv.25 xxxxx
蛋蛋 Lv.22
到达顶楼的楼梯前，遇到伪装的嘎拉嘎拉，消灭或捕捉嘎拉嘎拉後，继续爬楼梯，与几批火箭队成员对战後，与老伯说话。
突然你会回到他家，再一次与他谈话，获得(神奇宝贝之笛)，现在你可以用它来唤醒分别挡在12号路及16号路的两只卡比兽。如果在战斗中使用神奇宝贝之笛的话，双方的神奇宝贝均可以解除睡眠状态喔！( 往12号道路地方的房子里可得到高级钓竿) 。
捕捉挡在16号道路的卡比兽後，在上面使用聚合斩，到16号道路的屋子，与一位女孩取得秘传机02(飞行)！
接著沿路走到单车跑道，在这之前，请确认你身上已经有脚踏车。沿著单车跑道的斜坡滑下去18号路，很快地便到达了沙吉市！
沙吉市的第五道馆里，有一些白色点的障碍物，请仔细地睁大眼睛看清楚喔！
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GYM 5
场主：阿桔
使用属性：毒系
瓦斯弹 Lv.37X2
臭泥 Lv.39
双弹瓦斯 Lv.43
战斗完後，使用聚合斩，到最北边的建筑物，可进入野生园野区。进入这里你可以见到很多稀有的神奇宝贝，但是每次进入时，必须要付500圆喔！而且每次只能在园内移动六百步，超过六百步便会强制离开。但是，进入野生园野区的主要目的其实是为了来找寻秘传机03(冲浪)及(假牙)，以换取秘传机04(怪力)。建议玩家多来几次熟习环境，因为野生园野区的地形相当复杂喔！ 拿到(假牙)後，到沙吉市神奇宝贝中心右方的屋内，跟老伯说话，便可得到秘传机04(怪力)！飞回山野市後，进入一眼望去最大座的(西罗公司)，关键是拿到钥匙，钥匙在五楼南方的窄道！拿到锁匙之後，到三楼用锁匙打开左方的房间，踏上传送地板，到七楼与小茂会面，对战！
小茂：
比雕 Lv.37
蛋蛋 Lv.35
凯蒂狗 Lv.38
克你的精灵 Lv.40
胡地 Lv.35
战胜後，跟下面的男生说话可获得乘龙！
踏上传送地板到十一楼，准备与坂木老大决斗吧！
战胜後，询问坐在沙发上的老伯可获得天王球，这颗球可百分之百的机率成功捕捉任何神奇宝贝，而且世界上仅存一颗喔！非常珍贵！
离开後，到神奇宝贝中心医疗，然後山野市最右下的屋内可得到招式机29 ( 精神念力 ) ，接著去挑战道馆吧！进入场馆後，踏传送地板，以逆时针方向踏即可到场主面前。
GYM 6
场主：娜姿
使用属性：超能力系
勇吉拉 Lv.38
吸盘魔偶 Lv.37
胡地 Lv.43
末入蛾 Lv.38
打败道馆後，前往库林岛吧！用飞行前往至沙拉镇，向南方游泳，到达库林岛。
上岸後，可以先到神奇宝贝中心医疗一下，并使用飞行至比尼市，走到城市的右上方，使用聚合斩，进入科学技术馆的另一头。进入科学技术馆後，跟站在化石旁的研究员谈话，可得
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到化石翼龙的化石。
然後，回到库林岛，进入左下方的研究所内最右底的房间，和研究员谈话，选择你要孵化的一颗化石後，出去，再入房，再询问那个研究员可得到你要的化石神奇宝贝，照这样的方式以此类推，两只化石神奇宝贝就入手罗！
接著，到道馆左边的废弃空屋拿道馆的锁匙。玩家必须利用雕像的开关，打开每一间房子！到达某层楼的下方，往左边的断崖跳下去，下去楼梯，继续调查雕像的开关，道馆锁匙就在左上角房子的桌子上！
拿到道馆钥匙後离开，并且正式迎接道主夏伯的挑战！特别的是，这家道馆可以不需与每个手下战斗，只要答对每关墙上某个装置的问题便可通过，但是答错就必须强制战斗喔！
第一关卡：?? ( 是 )
第二关卡：??? ( 否 )
第三关卡：??? ( 否 )
第四关卡：??? ( 否 )
第五关卡：?? ( 是 )
第六关卡：??? ( 否 )
GYM 7
场主：夏伯
使用属性：火系
凯蒂狗 Lv.42
小火马 Lv.40
烈焰马 Lv.42
风速狗 Lv.47
橘子群岛篇！
玩家会发觉，走出道馆後，你便会被一个叫???的人带上船，并且到达谜之岛屿~橘子群岛。这个人会顺便带你到神奇宝贝中心医疗，并且会给你更新图鉴及地图。
由於他们俩遗失了一个重要的电脑配件，所以导致这三个群岛上的神奇宝贝中心电脑不能使用，所以，玩家暂时还无法在这三个群岛中使用电脑喔！
这个世界共有七个岛屿，野生神奇宝贝的等级也提升了许多，更加重要的是可补捉火焰鸟喔！
首先，使用冲浪，游到上方陆地的一个温泉山洞，跟山洞里最上方的老伯谈话，得到秘传机06 ( 碎石 ) ，
可以破开一些棕色碎石。接著使用冲浪继续往上游，到最上的小岛，火焰鸟就在里头，里面跃跃欲试的训练家似乎也急著想找出火焰鸟的踪迹呢！
捕捉成功後，回到城镇，准备向第二群岛出发罗！到达第二群岛上岸之後，到最右方的房子
捕捉超梦的方法
玩家坐船到第四群岛後，在最右边冰洞里得到秘传机07 ( 爬瀑 ) ，途中有采破冰以及滑冰喔。之後从一开始洞口进来的瀑布爬上去，发现有个洞後进去，见四天王之一的康娜及火箭队组织，与火箭队对战救出科拿。然後，乘船到第六群岛，
到达第六群岛後，到最南边山顶，在点字遗迹前面使用01 ( 聚合斩 ) 打开秘道。进去秘道之後，往前方的洞跳下去；跳上方的洞；接著跳左边的洞；然後跳右边的洞；跳下面的洞；发现蓝宝石，但是却被一位不知名人士给抢走了，然後到第五群岛右下方的火箭队基地。 经过一番考验，终於找到刚才偷走蓝宝石的博士，战胜他後拿回蓝宝石。现在回去第一群岛跟站在神奇宝贝中心机器前的男士说话，便可进行蓝宝石／红宝石的对战与传输了，亦能到那达市左方的洞窟去捕捉超梦罗！洞窟内的地形非常复杂，需要花点功夫熟习路线，小心迷路喔！
收服超梦完，继续橘子群岛之旅
回到第五群岛，使用冲浪到东北方的( 幻化之穴 ) ，在里面找到一位少女。这个洞穴非常奇妙喔！若玩家不依序特定的顺序走，永远都会回到原点 ( 清楚留意有登山男子的地方就
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是原点 ) 。因此，以下的方式走可得到四样道具及找回该名少女，以登山男子为该层为起点：
A．右→下，获得道具！
B．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→上，获得道具！
C．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→下→右→右，获得道具！
D．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→下→右→左→下→左，获得不思议糖果！
C．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→下→右→左→下→右→上，找到少女了！跟她战斗完後，并顺便带她回家。
到达第七群岛，北方是战斗塔，玩家有兴趣不妨进去挑战看看。往第七群岛的南边走，经过木桥及一些草原，在中途分叉路往左走，草堆旁边发现有山洞，进去之後运用玩家的智慧将这七块石头推到七个坑洞上，启动机关。
机关启动之後，离开山洞，往最南边使用冲浪，玩家会在这遍海域各分布的八个阿尔夫遗迹内，捕捉各式各样种类的未知图腾喔！
接下来，石英联盟已经重新开放了，玩家可以再次去挑战四天王罗！不过四天王神奇宝贝的等级由63级起跳，进去挑战前要有心理准备！
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