剧中对“红色药丸”的定义给出了解释：在1999年的电影《骇客帝国》中，主角尼奥要在红色药丸和蓝色药丸间，二选一。若服下蓝色药丸，尼奥将活在幻觉和愚蠢的消遣之中，而他因为服下了红色药丸，能清新意识到现实的真相，摆脱了邪恶者的利用。即“红色药丸”意味着一份“世人皆醉我独醒”的清明。
假定今天之前你一直生存在虚拟世界中
现在，放在你面前的有两颗药丸，红色药丸和蓝色药丸。选择红色药丸，幻境结束，欢迎你来到真实世界。我不能保证你什么，我唯一能保证的是，你看到的都是真实的。
选择蓝色药丸，你会忘记今天发生的一切，回到虚拟世界继续你的生活。注意：只能选一次。如果是你会怎么选？尼欧选了红色药丸。Neo,The One.那一个，救世主。
关于《黑客帝国》
1999年，《黑客帝国》横空出世，站在世纪之交遥望200年后。那时候人类光辉灿烂的文明不复存在，电脑人靠着母体繁衍新生，统治世界。在那里，每个人都生活在既定的生活轨迹中，被系统控制，在虚拟世界中，更新换代，生老病死。
这里的人，在系统的控制下，通过电脑波感知一切，情感，情绪，物质精神，全部的一切都被统治者简化为电脑讯号。仅存的人类被逼到世界角落，在真实而残败的世界里，活着，战斗。还在战斗着的人们，也会找到那些觉醒的人，为他们送去选择药丸的机会。
当然有人后悔，就连尼欧都有过这样的念头。甚至在第二部《黑客帝国·重装上阵》里，内部出现了叛徒，为了回到虚拟世界中而出卖大家。叛徒知道回到的世界是虚拟的，可是那里绚烂多姿，便无所谓真假。
何况真假本来模糊，假作真时真亦假，一块鲜嫩多汁的虚拟牛排，看起来是真的吃起来是真的，为什么它就不能是真的呢？ 一切都是选择。墨菲斯选择相信，崔妮媞选择爱，尼欧选择真相。
电影另一个重量级正面人物，伟大的先知。她预知一切，并为弱势的人类提供指点，但看上去无所不知并没有让她变得无所不能。相反，正因为她视野广阔而变得愈加攻防脆弱，知道的越多越能感知到自己的无能为力。
而区别只在于她做出了选择，她选择拯救世界，不计代价，就像尼欧做的那样。贯穿三部曲的还有一个问题，尼欧到底是不是救世主。从结果来看，尼欧是的。那么一个新的问题出现了。
是因为墨菲斯等人，包括后来尼欧自己也相信他是救世主，他才成了救世主。还是因为尼欧本身就是救世主，才让那么多人坚信他就是救世主。电影到最后其实也没有给出一个明确的答案，倒不是电影的态度暧昧，而是那已经不重要了。
他们相信，他们选择相信，这就够了。尼欧选择战斗，一直战斗下去，伙伴们选择相信他，并一起战斗下去。
跟选择相关的还有另一个词，命运。第二部里占据很大篇幅的开锁匠，在成功打开母体之门后牺牲。临终前，开锁匠非常坦然，这是我存在的理由，如今使命完成，这（牺牲）是我的命运。
看上去非常“工具人”，但是回头想想，一切依然是因为他做出了选择，从他回答中可以看出，他是可以选择一条更保险的路，跟系统站在一边的，但是他没有，它选择发挥自己的天才。
选择、命运，倒推下去还有一个词，因果。因为尼欧发现了系统漏洞开始查探，所以墨菲斯发现了他，选择相信他。因为尼欧选择了红色药丸，留在了真实世界，而开始了为人类而战。先知选择跟他们站在一起，崔妮媞选择相信尼欧相信爱。
结语
第三部里，因为选择而失去旧的皮囊换了一副躯体的先知跟大魔王对峙。大魔王：你早就知道。先知：不，但我选择相信。所以，红色药丸和蓝色药丸，你选啥
蓝药丸是一段重置代码，能够让服用者忘记自己曾经的经历，以及遇到过的“锡安人”（脱离“母体”连接的克隆人以及自然繁殖人类的统称）。红药丸才是真正起作用的代码。最终目的自然就是将服用它的人从“人体发电厂”中解救出来。
实际上“蓝药丸”并不具备篡和清除改人类记忆的功能，对服用者也不会产生任何作用（真正起作用的是红药丸），毕竟记忆存在于现实人类的大脑，而非保存在“母体”，所以“蓝药丸”只是象征着一个选择。
对于那些选择了逃避的人，他们服下蓝药丸之后非但不会忘记之前的“非正常接触经历”，还会清楚地记得自己曾经做出过的选择，继续活在自以为的“现实世界”里。
这样的选择往往会把人逼疯，在早先的一部官方漫画中就出现过一个选择了“蓝药丸”的“程序员”，不过之后她一直无法释怀自己的选择，幻想自己如果选择了“红药丸”之后会有什么样的境遇，世界的真相又会是什么样子。久而久之，这种好奇心终于将其吞噬，她也最终选择了自杀。
