腐熟的有机肥一般需要两个阶段，即第一次高温堆肥腐熟发酵阶段和第二次陈化阶段。不稳定的有机物通过腐熟过程，通过微生物作用下，转化成稳定的腐殖质。其温度变化可以界定是否腐熟。
先说说第一阶段：通过配比原料基质，肥堆高氧吸收，产生高温，可降解挥发性固体大量减少，臭味逐渐降低，肥堆颜色逐渐变化，需保持良好的曝气和水分控制。
二次堆肥：温度初见降低，氧气吸收率降低，臭味完全消失。
相对于第一次堆肥腐熟来说，不能没有第二次堆肥，因为二次堆肥可以降解难降解的有机物，嗜温微生物菌落重新建立，从而有助于有机肥腐熟、减少植物毒性物质和抑制病原菌。
温度升高阶段：有机肥腐熟温度上升到45℃，主要以放线菌、真菌和细菌为主，主要分解糖类和淀粉。甚至有源生物动物和动物参与。
高温阶段：腐熟温度达到45℃以上，嗜温微生物被抑制，嗜热主导。可溶解的有机物继续被氧化分解，复杂的有机物（纤维素、半纤维素、蛋白质、木质素）也开始被分解。50℃左右（嗜热真菌和放线菌）；60℃左右（嗜热细菌和放线菌）；70℃左右（大多微生物已经不能适应）。
最佳腐熟温度为55℃，这是因为大多微生物在该温度最活跃，最易分解有机物，病菌、虫卵、杂草种子大多数会被杀死。
降温降低阶段：嗜温微生物又开始大量繁殖，占据优势，对残余难分解的有机物作进一步分解。此时微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量降低，温度下降，肥堆逐渐趋于稳定。
一、有机肥定义
1.有控制地通过生物分解有机废弃物后得到的产物，在分解过程中产生的热量可使原材料得到无害化和稳定化以有益于植物生长，其物理性质与初始的原材料已截然不同。
2.有机肥是一种有机质资源，其特有的性质可以改善土壤或生长基质的化学、物理和生物性质，它虽含有植物养分，但还不是一种典型肥料。
二、有机肥其腐熟过程
在堆积、搅拌、通风的好氧状态下，利用微生物分解原材料中的有机物，分解产生的热量可使水分蒸发，能杀死病原菌、寄生虫卵和杂草种子，是一安全、卫生、有机物稳定化的过程。
三、有机肥料优势
1.有机肥来源的肥料对植物和土壤都有好处，如果使用得当，一般不会燃烧或损坏植物。
2.有机肥料刺激土壤微生物繁殖，改善土壤结构。土壤微生物在将有机肥料转化为可被植物吸收的可溶性养分方面起着重要作用。
3.有机肥料通常提供次生和微量营养素的需要，通常在化学肥料中却没有。
4.有机肥料氮、磷、钾的来源比化学肥料相对较低，但是可以保持土壤肥力更持久一些。因此，有机肥对植物的影响通常是更微妙的。
