你所说的情况在实践中并不少见。理论上，通常你所说的另一个法院的立案庭会初步审查案件，在审查案件资料的时候，如果他们发现存在协议约定管辖法院，那么通常他们不会受理案件，但是不排除法院审查不严或者其他一些人为因素让法院受理该案，这样作为被告是有权提出管辖异议的，即使另一个法院驳回管辖异议，被告也是可以提起上诉的。
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