已经在机器中作废的发票，被对方认证了怎么办

我是哈尔滨道外区的企业，5月份在给一家南岗区的企业开发票的时候，有一张打歪了一点，就点了作废，但是由于开的发票太多，给对方的时候不小心把这张也给他们了，6月初报税的时候发现了这件事，给对方打电话对方称已经认证了。那我们应该怎么处理，我现在有两个方法第一，我6月份的时候把这部分税给补上，然后就这样了，对方认证的发票估计是还不了我了，第二的办法，是死活把对方认证的发票要回来，求对方在他的申报表上把这笔进项税转出，请各位给我个意见看看哪个更适合，或者有没有更好的办法，谢谢了
像我家这种情况,我把税补上后,那在发票管理不当的责任上税务局会怎么处罚我,依据是什么,罚多少钱,我看了国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知,没有符合我家的这个情况,请各位帮忙,谢谢了

《国家税务总局关于认真做好增值税专用发票发售、填开管理等有关问题的通知》（国税函[2003]785号）第四条规定：在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用发票。

解决办法：

对于已认证的那张发票要对方单位所在税务局开具红字发票通知书，然后根据通知单开一张红字发票即可。

扩展资料：

增值税专用发票必须按下列规定开具：

1、项目填写齐全，全部联次一次填开，上、下联的内容和金额一致。

2、字迹清楚，不得涂改。如填写有误，应另行开具专用发票，并在误填的专用发票上注明“误填作废”四字。如专用发票开具后因购货方不索取而成为废票的，也应按填写有误办理。

3、发票联和抵扣联加盖单位发票专用章，不得加盖其他财务印章。根据不同版本的专用发票,财务专用章或发票专用章分别加盖在专用发票的左下角或右下角，覆盖“开票单位”一栏。发票专用章使用红色印泥。

4、纳税人开具专用发票必须预先加盖专用发票销货单位栏戳记。不得手工填写“销货单位”栏，用手工填写的，属于未按规定开具专用发票，购货方不得作为扣税凭证。专用发票销货单位栏戳记用蓝色印泥。

参考资料来源:百度百科-增值税专用发票