1、第001话 云霄飞车杀人事件
高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国,他帮助警方解决了很多棘手案件。
某日,他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件,其中,有两名黑衣人引起了工藤的注意,工藤暗中跟踪却被发现,黑衣给他灌下毒药后离开,当被警察发现时,工藤已变成了小孩儿的模样。
2、第050话 外交官杀人事件(下集)
小兰找来医生时,却发现柯南不见了,她四处寻找来到了犯罪现场,而服部已经开始了对凶手的指认,凶手就是死者的父亲利光,他本人也主动承认。
这时,工藤新一出现,他推翻了服部的推测,并对凶手重新指认,服部甘愿认输,警方带走凶手后,工藤因心痛难耐顾不上和小兰说句话就躲了起来变回柯南,休息了三天后,他意识到老白干是让他恢复原形的方法。
3、第172话 飞天密室
小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前新一在飞机上首次处理命案的事情,当时正值深夜,飞机上所有的人都在睡觉,突然传来一声尖叫,一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害。
碰巧目暮警官也在飞机上,于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查,在寻找凶器无果后,新一想到凶器一定就在凶手身上。
4、第173话 飞天密室
新一要求在次对嫌犯的物品进行搜查,可依旧没有发现可疑物品,之后,新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片,并将所有人的证词、座位上的底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线,虽然鹭沼的嫌疑最大,但新一却说凶手不是他,因为他被真凶所利用,推理一步步接近真相。
5、第536话 服部平次vs工藤新一
平次和柯南打电话的时候,讲起了自己在初中时期遇到的一个未曾谋面的劲敌。当时,平次和同学们一起来山里滑雪,不想遇见一起命案,而死者正是著名演员箕轮奖兵,这起案件与四年前曾在这里发生过的命案极其相似,受害者都是死在缆车上并且身边的背包里全是雪。
在调查过程中,服部总会从别人口中听到一个同样参与破案的初中生,而这个人正是工藤新一,服部不由和这个“隐形”对手较起了劲。