食品安全性问题是指其对人类健康的影响。应用转基因技术生产的食品，首先必须通过一般的食品卫生标准及安全检查，转基因过程每个环节都可能对食品的安全性产生影响。
第一，基因从原有机体转入宿主机体中两者的安全性对经济产物有影响；
第二，转移基因的结构稳定性，必须确保这些遗传生物已达到要表达良性性状所需的最小遗传物片段，否则DNA结构不稳定会影响性状的表达，可能产生不需要的性状或有毒产物；
第三，基因插入受体基因组的位置，如果在受体细胞调控其他基因表达的基因区中插入遗传物质，则可能造成多效性，即在表达生成所需产物的同时还产生其他基因产物，因此基因插入受体基因的位置要准确；
第四，载体的选择及使用具有抗生素耐药性的选择性标识基因是否会对人产生影响。这些遗传学方面问题最终将涉及食品的营养学、毒理学和致病性等诸多方面。
转基因食品在营养方面的变化可能为营养成分构成的改变和不利营养因素的产生；毒理学方面除传统的毒理学安全性问题外，还应考虑是否因增加了毒素本身或产生新的有毒物质等因素带来的新情况：由于转基因技术使用了抗生素标志基因，是可能产生人或动物对致病菌的耐药性，此外，引起受体过敏也是转基因食品安全性考虑的关键问题。
由于目前科研人员采用的试验方法不同，得出的结果往往有差异。转基因植物对环境和人类自身的影响还需长期的科学研究来明确。另外载体其他的构件也可能会有安全性的问题，如35S启动子和T-DNA边界序列的安全性问题。我们知道启动子是基因表达所必需的，它决定了外源基因表达的空间、时间和表达的强度等。最常用的启动子是35S启动子，该启动子能够在植物组织中高水平表达，因此35S启动子已经被引入许多转基因植物中。由于35S启动子在植物基因工程中的广泛应用，人们也十分关心该启动子是否存在着潜在风险。Cummins等列出了35S启动子的潜在风险有：
①如果35S启动子插入到原来整合到植物基因组中的隐性病毒基因组旁，可能会启动活化并表达病毒；
②如果该启动子插入到某一编码毒素蛋白的基因上游，可能会增强该毒素的合成
；③当转基因植物被动物或人类食用时，35S启动子可能会通过基因的水平转移插入到某一致癌基因上游、活化并且导致癌症的发生。但在过去多年的研究中，许多实验室并没有发现35S具有移动性，人们在日常生活中食用的花椰菜有很多被感染，这要比食用转基因植物的风险大得多。T-DNA边界序列是基因转移所必需的，插入是随机的，T-DNA的边界序列也可能整合进入植物体中，在研究中已经发现了含有右边界序列的转基因植株，但到目前，人们还不清楚35S启动子和边界序列在植物体中是否存在安全性问题。
