纳税人丢失专用发票后，必须按规定程序向当地主管税务机关、公安机关报失。
各地税务机关对丢失专用发票的纳税人按规定进行处罚的同时，代收取“挂失登报费”，并将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传(寄)中国税务报社刊登“遗失声明”。传(寄)中国税务报社的“遗失声明”，必须经县(市)国家税务局审核盖章、签注意见。
根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)规定：
简化丢失专用发票的处理流程一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(附件1、2，以下统称《证明单》)，作为增值税进项税额的抵扣凭证；
如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
扩展资料
纳税人必须严格按《增值税专用发票使用规定》保管使用专用发票，对违反规定发生被盗、丢失专用发票的纳税人，主管税务机关必须严格按《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国发票管理办法》的规定，处以1万元以下的罚款。
并可视具体情况，对丢失专用发票的纳税人，在一定期限内(最长不超过半年)停止领购专用发票。对纳税人申报遗失的专用发票，如发现非法代开、虚开问题的，该纳税人应承担偷税、骗税的连带责任。
为便于各地税务机关、纳税人对照查找被盗、丢失的专用发票，减轻各地税务机关相互之间传(寄)专用发票遗失通报的工作量，对发生被盗、丢失专用发票的纳税人，必须要求统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”。
国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告
三、简化丢失专用发票的处理流程
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（附件1、2，以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。本回答被网友采纳
主管国税局会以“未按规定保管发票”为由对你进行处罚
【一般纳税人】丢失已开发票记账联的，可以用发票联或抵扣联复印件入账。入账后要在当月据实申报，不能因为记账联丢失而隐瞒收入。抵扣联可以向购买方借用一下， 让对方复印后传真或是送来都可以，因为丢的不是抵扣联，所以不是那么麻烦，希望对您帮助。本回答被提问者采纳
