电脑刚中木马病毒，CPU使用率99%，什么程序都不能运行；

我发现占用率高的一些进程都在一个program files (x86)文件的子文件夹里；在安全模式下，直接删除了子文件夹，现在重启后可以运行程序了，也用电脑管家查出了木马并删除了；那么问题：病毒是真的删除了吗？

谢谢回答，我的问题没写清楚，我的错，以下是时间顺序：
1、我发现打不开网页了，一些后台程序也显示连接故障；
2、我打开任务管理器，发现CPU使用率总是很高80%~99%；
3、我使用电脑管家全盘杀毒，查出木马病毒，并处理掉了，但还是有1、2点的问题；
4、我查看CPU使用率高的程序在哪个文件，然后在安全模式下，删除了这个文件；