根系病害的防治，主要有以下三方面：即生物学防治、栽培措施与物理防治、化学防治，现分述于下：
（1）生物学防治 ①选用抗病品种：选用抗病品种来防止根系病害，是一种很好的办法，要准确鉴定病原，选育适当的品种。但是目前具有多抗性的品种还很少，往往是只能抗某一种病害，这方面的研究工作，仍需继续努力。期望今后能育成多抗品种，也能对无土栽培提供方便。②利用有抗性的微生物来防治病害：利用有抗性的微生物防治作物病害，是将来防治植物病害的重要方面之一。但到现在为止，商业性防治病害的微生物还非常少。
（2）栽培措施与物理防治 ①清洁卫生：清除所有的植物残株，以及能带病菌的各种用具，尽量保持无菌的栽培环境。基质重复利用时要进行消毒，工作人员手脚要洗净，保持环境卫生，以大大减少病菌为害。另外选用有机肥时，要注意选择消毒质量好的肥料。设备和器具的消毒，可用福尔马林50～100倍液（7400～3700毫克/升），流动冲洗1～3天，为了防止药害，残留浓度要低于18.5毫克/升为好，也可以用中性次氯酸钙700毫克/升流动冲洗1～2天。②种子消毒：即干热消毒、温汤消毒等。③控制环境：在许多环境因素中，有两种因素控制着病原菌在植物体的传播与发展，这就是湿度与温度。例如，瓜果腐霉菌要高于24℃的条件下，它的活性增强，为害严重，而宽雄病霉菌则相反，它在24℃以下的温度下活性最强，病害蔓延也快，因此提高温度就能控制，而对控制瓜果腐霉菌则可降低温度，以防止其蔓延。④及时清除病株：一旦发生病害，应立即拔除，并用杀菌剂进行处理，以免传染其他植株。如基质槽长度太长，应每隔5米左右，用塑料布将其隔断，以免由于灌溉水互相传染病害。
（3）化学防治 目前根据病害的防治，主要有两种类型的化学药剂，还不十分理想，应继续研究。①杀菌剂：将杀菌剂配成药液灌根或药土培根。但应注意药品的残效期和使用量，同时避免单一长时间使用同一种药剂。②表面活化剂：活化剂可以防止莴苣的叶柄肥大病。这种病是由病毒引起的，它是通过油壶菌游动孢子传播的。如果加表面活化剂，则游动孢子在几分钟内就不游动了。最近的研究证明：表面活化剂对腐霉菌和疫病的病菌也很有效。因为这些病菌对活化剂也很敏感，当把这些病菌暴露在不电离的表面活化剂，只要1分钟，游动孢子就不游动了，但对菌丝及已产生细胞壁的孢子，表面活化剂的作用就不大了。
（1）生物学防治 ①选用抗病品种：选用抗病品种来防止根系病害，是一种很好的办法，要准确鉴定病原，选育适当的品种。但是目前具有多抗性的品种还很少，往往是只能抗某一种病害，这方面的研究工作，仍需继续努力。期望今后能育成多抗品种，也能对无土栽培提供方便。②利用有抗性的微生物来防治病害：利用有抗性的微生物防治作物病害，是将来防治植物病害的重要方面之一。但到现在为止，商业性防治病害的微生物还非常少。
（2）栽培措施与物理防治 ①清洁卫生：清除所有的植物残株，以及能带病菌的各种用具，尽量保持无菌的栽培环境。基质重复利用时要进行消毒，工作人员手脚要洗净，保持环境卫生，以大大减少病菌为害。另外选用有机肥时，要注意选择消毒质量好的肥料。设备和器具的消毒，可用福尔马林50～100倍液（7400～3700毫克/升），流动冲洗1～3天，为了防止药害，残留浓度要低于18.5毫克/升为好，也可以用中性次氯酸钙700毫克/升流动冲洗1～2天。②种子消毒：即干热消毒、温汤消毒等。③控制环境：在许多环境因素中，有两种因素控制着病原菌在植物体的传播与发展，这就是湿度与温度。例如，瓜果腐霉菌要高于24℃的条件下，它的活性增强，为害严重，而宽雄病霉菌则相反，它在24℃以下的温度下活性最强，病害蔓延也快，因此提高温度就能控制，而对控制瓜果腐霉菌则可降低温度，以防止其蔓延。④及时清除病株：一旦发生病害，应立即拔除，并用杀菌剂进行处理，以免传染其他植株。如基质槽长度太长，应每隔5米左右，用塑料布将其隔断，以免由于灌溉水互相传染病害。
（3）化学防治 目前根据病害的防治，主要有两种类型的化学药剂，还不十分理想，应继续研究。①杀菌剂：将杀菌剂配成药液灌根或药土培根。但应注意药品的残效期和使用量，同时避免单一长时间使用同一种药剂。②表面活化剂：活化剂可以防止莴苣的叶柄肥大病。这种病是由病毒引起的，它是通过油壶菌游动孢子传播的。如果加表面活化剂，则游动孢子在几分钟内就不游动了。最近的研究证明：表面活化剂对腐霉菌和疫病的病菌也很有效。因为这些病菌对活化剂也很敏感，当把这些病菌暴露在不电离的表面活化剂，只要1分钟，游动孢子就不游动了，但对菌丝及已产生细胞壁的孢子，表面活化剂的作用就不大了。
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