东野圭吾是一位尝试型作家，出道至今一直不断探索独特的小说风格，在吸收国内优秀作品养分的同时不断开拓创新，形成了“写实本格派”风格。在东野看来，没有什么元素不能被运用到推理小说中，因而他的小说表现出多领域的融合性，他解释道：“因为每一种领域都有长处，我想攫取这些不同的优点。”融合是循序渐进而非一蹦而就，从他每一部作品中我们都可以看到其风格一点一滴的变化，按照小说主题和艺术手法的不同，东野圭吾的小说创作可以分为三个时期，分别以1990年创作的《宿命》和1997年创作的《名侦探的守则》和《名侦探的诅咒》为界。
前期
1985年至1990年，东野圭吾以校园本格推理为主，偏重设迷解谜和逻辑推理。这一时期的作品内容以描写犯罪手法为主，涉及传统本格小说中的密室、童谣、密码等元素，在小说艺术手法上有较多模仿的痕迹，主要以弗里曼经典模式“提出问题一一展示数据一一了解真相一一验证结局”的单线结构为主。这一时期的代表作有《放学后》、《毕业前杀人游戏》、《以眨眼干杯》、《十一字杀人游戏》等。《放学后》和《毕业前杀人游戏》将背景放置在校园中，刻画师生和同窗之间复杂的人际关系；《以眨眼干杯》运用传统推理小说中的经典元素密室，并以拜金虚荣的陪酒女小田香子作为女主人公。《十一字杀人游戏》中共有十一人相继死去，他们的头颅均被重器所伤，且死前都会收到写着“来自无人岛的满满杀意”的纸条……这些情节常被用于传统推理小说中。同江户川乱步一样，东野这一时期的作品将“犯罪动机”归结为个人原因，或为了纸醉金迷的物质生活，或掩饰不为人知的过去。这一时期的作品偏重逻辑推理，内容单薄，将“意外性”固定在“凶手是谁”上，例如《放学后》全篇以师生矛盾为主，结局却以妻子为凶手，这样的布局给人刻意、突兀之感。作者在1986年出版的《白马山庄杀人事件》中说道：“我非常喜欢的设定就是密室和密码，这些所谓古典式的小道具让我着迷，纵使我会被一般读者认作落伍者，我将继续沉溺其中。”从重视本格元素到偏重逻辑推理再到个人宣言，东野圭吾的前期创作无疑是以本格推理为主。
中期
1990年东野圭吾创作了《宿命》，这篇小说被推理界认为是东野创作风格的分水岭。在《宿命》中作者讲到:“犯人制造了怎样华丽精彩的诡计，这样的谜团设定固然不错，但我更希望创作出其他类型的意外性。”东野不再拘泥于凶手和手法，所谓“其他类型的意外性”是指为什么，即“犯罪动机”，作者“寓谜团于社会现实”。这一时期作者开始涉及社会问题，例如滥用权力和科学、虐童等。故事通常以凶杀案为起点意外牵引出另一个震撼人心的故事，代表作有《宿命》、《回廊亭杀人事件》、《过去我死去的家》、《平行世界的爱情故事》等。在叙述模式上，作者一改前期简单的经典模式，尝试运用较为复杂的结构方式，例如《宿命》拥有两条主线，一条是和仓勇作的成长之路，一条是须贝正清的谋杀案。通过谋杀案件引出战后日本政府为培育间谍在人脑中安置金属以进行脑科学研究的故事，这项研究的被害者日野早苗是勇作和晃彦的亲生母亲，须贝正清正是想重新开启这项研究而遭到谋杀，这样的情节安排着实给人意外感。政府高层为一己之私轻视生命，给三代人带了了无法平复的悲惨记忆。小说将悲剧根源归结为滥用权力的日本政府，起到了揭露和批判社会的目的。作者没有将重点放在案件上，而是深入剖析导致案件发生的原因，有时甚至不涉及凶杀，例如《平行世界的爱情故事》。它通过独特的叙事视角营造悬念，采用第一人称和第三人称交替叙事，以“记忆”模糊或丧失为基点，将重点放置在复杂的人际关系上，以“关系”体现“人性”。
这一时期东野的小说具有“新社会派”的特点，一方面他关注社会和人性，另一方面在叙事技巧上不断创新，运用了独具风格的双线平行交叉式的结构方式，为“写实本格派”风格的产生进行了成功的尝试性创作。
后期
1996年东野圭吾创作了《名侦探守则》和《名侦探的诅咒》。前一部用讽刺的手法颠覆“本格派”经典元素，用全新的视角设释了密室、密码、童谣、不在场证明、肢解等。在艺术手法上，小说营造出舞台剧的感觉，天下一大五郎和大河原警部两位主角在扮演侦探和警察角色的同时，他们会偶尔跳离故事情节发展，面对着读者展开像“相声般”的对话，这些对话不仅涉及故事的情节发展，而且常常借题发挥，评论当代推理作家和推理作品，有时甚至对它们进行一番讥讽。后一部以小说的形式阐释了自己的创作理论。天下一五大郎费劲心思追查的“密室谋杀”其实是门门被碰触后自己落下，凶手的足迹被连夜的大雪掩盖造成的，作品将许多偶然发生的事件与侦探“缜密”的逻辑放在一起，使推理显得荒诞可笑，东野用这种方式表达出对自己之前言论的质疑态度。在《名侦探的诅咒》中，作者对“本格派”的挪榆更加直白。小说背景被放置在未来世界的小镇上，“本格派”己经销声匿迹，主人公天下一五大郎批评本格派小说：“这种无聊、幼稚、非现实、不自然的东西”让他意识到真实性、现代性、社会性是小说的三大支柱，若非如此，将难以在今后的推理小说界生存。”东野圭吾借天下一五大郎之口表达了他对推理小说的新看法，他决定放弃“本格派”创作道路。天下一五大郎对“社会派”也有颇多异议，他认为松本清张的作品不再适合读者的口味是因为“表现方法的问题，即使使用同样地材料，烹饪方法不同，味道也各不相同。”在作者看来，“本格派”作品因为脱离现实会被时代淘汰，“社会派”表现手法落后，不再适应读者需要，真正优秀且适应时代需求的作品是既重写实又重手法的，于是他开创了“写实本格派”。
在自己的理论指导下，东野的推理小说在日本引起巨大反响，这一时期创作的作品几乎本本畅销，代表作有《恶意》、《秘密》、《神探伽利略》、《白夜行》、《预知梦》、《信》、《幻夜》、《圣女的救济》《湖畔》等。 小说以九十年代经济大萧条时期的东京、大阪两座现代化大都市为背景，将社会生活中真实存在的案件经过艺术处理后融入小说内容，例如《白夜行》中的游戏卡带盗卖案，信用卡伪造案，信息犯罪案，《幻夜》中的珠宝抢劫案和《神探伽利略》中的科学犯罪案等，做到了“真实性”和“现代性”。其中《神探伽利略》是典型的理工科推理，全书共五个小故事，每个故事的开头，都是一副犯罪现场的画面。 接下来，就轮到警察和侦探出场解密。 这本书的重点不在于动机，而是犯案手法，要么是高科技犯罪，要么就是一些不可思议的物理现象的变形体。 识破犯案手法，罪犯也就浮出水面。 不过与美国刑侦剧那样完全使用高科技来追捕凶手不同的是，东野是运用逻辑推理及对人性的解剖来推导得出结论。
在这期间，东野故事的中心渐渐转移。 与之前的推理小说不同，作者淡化谜团，淡化凶手的身份，把重点放在“犯罪动机”上，《恶意》在不到三分之一的地方，凶手就对自己的罪行供认不讳，但对犯罪动机含糊闪烁。在之后三分之二的篇幅里，“犯罪动机”成为唯一的悬念，将“人性”中深沉的恨意展露在读者面前，让人不寒而栗。2002年出版的《湖畔》也是如此，揭露凶杀案背后隐藏的动机以及批判日本社会家庭及教育方面存在的扭曲现象是东野的主要目的。 表面平静的四个小家庭，因为孩子都要考私立初中而集合在一起补习，在表面上的和乐底下却暗潮汹涌。 而为了孩子，父母也一再牺牲自己，甚至逾越道德的底线。 另外，这部作品还有一个独特之处就是任何出场人物的心理活动都没有描写。 包括中心人物俊介在内，作者客观公平地对所有的人物的言行进行了描写。 所以日本知名推理小说评论家千街晶之评价其“是作为一部舞台剧作品创作的”。
东野在这一时期大量涉及社会和人性问题，从泡沫经济到阪神大地震，从家庭结构变化到女性地位提升，从青年道德滑坡到社会信任危机，九十年代日本社会发生的重大事件和思潮变革几乎都能在他的小说中找到。“这些是人类永远需要关注的命题，永远不会过气”，将人的悲剧根源归结为社会和时代痼疾，东野的小说做到了“社会性”，俨然成为二十世纪九十年代日本社会的全景图。
