已认证了的增值税发票不能抵扣怎么办？

我公司是焦炭公司，账上留抵的税额还有三百多万，现在税局要求我们转出一百多万 ，说这一百多万不能抵扣。 进账时我是这样做的 借：原材料 6415425.59 应交增值税进项税额 1090622.33 贷：实收资本 7506047.92 。求各位大师指点怎么做分录，报表上怎么做？

　　1、根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）的规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。另外，根据《国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第78号）的规定，增值税一般纳税人取得的增值税专用发票已认证或已采集上报信息但未按照规定期限申报抵扣，属于发生真实交易且符合本公告第二条规定的客观原因的，经主管税务机关审核，允许纳税人继续申报抵扣其进项税额。增值税一般纳税人除本公告第二条规定的客观原因以外的其他原因造成增值税扣税凭证未按期申报抵扣的，仍按照现行增值税扣税凭证申报抵扣有关规定执行。
2，客观原因包括如下类型：
⑴因自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因造成增值税扣税凭证未按期申报抵扣；
⑵有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押、封存纳税人账簿资料，导致纳税人未能按期办理申报手续；
⑶税务机关信息系统、网络故障，导致纳税人未能及时取得认证结果通知书或稽核结果通知书，未能及时办理申报抵扣；
⑷由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致未能按期申报抵扣；
⑸国家税务总局规定的其他情形。

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