购进货物取得专用发票的企业名称与付款企业名称不一致，是否可以抵扣该进项税？

通过母公司付款，有三方协议，到税局备案后，是否可行？

当然不行，首先增值税专用发票如果购货方开的是境外用户，你肯定抵扣不了的，也就产生不了进项税。
如果增值税专用发票开的你单位名称：
购进时：借：库存商品
应缴税费--应缴增值税--进项税额
贷：银行存款
交给对方并收款时：借：银行存款
贷：主营业务收入
应缴税费--应缴增值税--销项税额
借：主营业务成本
贷：库存商品

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