申请撤诉时法院只收取了案件受理费，该费用减半缴纳，按下列规定处理：
《诉讼费用交纳办法》
第十五条 以调解方式结案或者当事人申请撤诉的，减半交纳案件受理费。
第三十四条 民事案件的原告或者上诉人申请撤诉，人民法院裁定准许的，案件受理费由原告或者上诉人负担。
行政案件的被告改变或者撤销具体行政行为，原告申请撤诉，人民法院裁定准许的，案件受理费由被告负担。
《诉讼费用交纳办法》
第十五条 以调解方式结案或者当事人申请撤诉的，减半交纳案件受理费。
第三十四条 民事案件的原告或者上诉人申请撤诉，人民法院裁定准许的，案件受理费由原告或者上诉人负担。
行政案件的被告改变或者撤销具体行政行为，原告申请撤诉，人民法院裁定准许的，案件受理费由被告负担。
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