（1）根结线虫病
根结线虫病是为害牡丹根部的重要病害。北京、洛阳、菏泽等地均有发生。我国东部及南部亦为害较严重。
病株的侧根和须根出现不同大小的瘤状物。瘤状物最初表面光滑，后变为褐色并显得粗糙。瘤内乳白色发亮颗粒即为线虫的幼虫。连年染病植株生长瘦弱，开花后叶缘变黄至全叶枯焦、早落，花少花小乃至不开花，植株变矮以致死亡。一般5月可见局部膨大，6～7月出现绿豆大小的根结，由白色渐变为黄褐色。根结上长出许多细根，使根呈丛簇状，这是北方根结线虫病的特征。该虫仅侵染营养根，不侵染主根。
根结线虫是线形。动物门的一类植物寄生虫，为好气性低等动物，主要生活在土壤表面下5～30厘米处，以10厘米左右的土层中最多。幼虫于4月10日前后开始活动，5月10日、6月20日、7月30日、8月20日、9月30日依次出现1～5次高峰期。完成一代生长，春秋需50天，夏季只需30天雌虫在土壤中产卵后，在温暖的土壤中，2～3天内即可孵化为幼虫。2龄幼虫通过根尖侵入寄主。由于线虫分泌物的刺激，根部被害部位在几个小时内开始膨大。土温在27℃左右，侵入25天后即可形成瘤状物。交配后的雄虫死亡，妊娠雌虫开始产卵。20～27℃的温度和10%～17%的土壤湿度最适于线虫生存，如土壤很干则幼虫和卵容易死亡；如土壤过湿，卵的孵化和幼虫的生活也会受到阻碍。品种间抗性存在着差异，前作为寄主的熟地发病重，生荒地发病轻；浅翻地发病重，深翻地发病轻。该病可通过带病的植株被远距离传播。
防治方法：①严格植物检疫，防止病害随染病植株传播；②感染严重的园圃，应作土壤消毒处理，轮作非线虫寄主的作物；③用20%二溴氯丙烷处理土壤，每平方米用药5～8克；或用4%涕灭威颗粒剂，每平方米用药20克；也可用呋喃丹颗粒剂，每平方米用药15克；④加强管理，提高植株抗病力。
（2）白绢病
该病在南方多雨地区发生较普遍。此病主要为害根颈部。染病植株基部发生黑褐色湿腐，随后在土表及植株基部可发现有白色羽状菌丝体。在潮湿情况下，菌丝体上产生圆形油菜籽状的菌核，初为白色，后为橘黄色或红褐色（棕色）。受害植株逐渐凋萎，叶片变黄，病株枯死。
病原：为整齐小核菌适宜生长温度为29～32℃。菌丝和菌核可在土中植物残体上存活多年，寄主范围广泛。以菌丝从苗木根颈部或根部侵入，经6天左右即开始发病，病菌可借菌丝体在土中传播。植株密植时易于传播蔓延，夏季多雨高温季节以及土壤潮湿时发病严重。
防治方法：①土壤消毒；②发病初期发现病株立即拔除烧毁，并在病株周围土壤中用升汞石灰水（1∶1.5∶1500）浇灌；③发病前，定期喷洒50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%托布津可湿性粉剂500倍液。栽种前用70%甲基托布津500倍液浸泡10分钟然后种植。发现病株，先将根颈处病部用刀彻底刮除，再用1%硫酸铜液消毒伤口，同时用50%代森铵400倍液浇灌根部周围土壤。
（3）紫纹羽病
该病又称紫色根腐病，分布普遍。该病在牡丹分栽时由土壤传播，发病部位为根颈处及根部，病根表面丝网状菌束及绒毛状菌丝层均为紫红色，有时也可见到半球形紫红色菌核。此病使牡丹须根腐烂，以后扩展到侧根主根。此时，植株枝条细弱，叶变小，黄化或泛红色，发芽迟。自上而下枯黄，以至死亡。初夏及雨季发病较多。低洼潮湿地，或施生肥、重肥时易染此病。该病病原菌为桑卷担菌。
防治方法：①实行轮作，避免重茬；②秋季分栽时，根部用0.1%硫酸铜水溶液浸泡3小时，或在饱和石灰水中浸0.5小时，用清水洗净后栽植；③发现病株立即拔除烧掉。轻者除去腐烂部分，然后用4～5度石硫合剂或0.1%硫酸铜消毒后，另行栽植。病穴用石灰或硫磺消毒；④发病初期用50%代森铵1000倍液浇病株根部，每株500～1000毫升，浇后立即覆土。
（4）牡丹根腐病
该病是指除白绢病、白纹羽病、紫纹羽病这类易辨认的根腐病以外，又一类引起根部腐烂的病害，是为害牡丹较严重的一种病害，见于洛阳、郑州、新安、兰州等地。
牡丹植株感染此病后，地上部分长势衰弱，叶片失绿、发黄、泛红，有的叶肉变黄色、红色而叶脉不变色。但也有表现为叶脉变黄、红而叶肉不变色，易误认为是病毒病。严重时叶片、枝条枯死，甚至整株死亡。洛阳等地病株易出现秋发现象。挖出病株可见根系部分或全部腐烂呈黑褐色。
主要为腐皮镰刀菌及其他菌的复合侵染。该病一般于4月初牡丹展叶后即显出症状，多表现叶片黄化，长势衰弱。洛阳等地老花圃常大量发生。据调查，根腐病与地下害虫危害程度密切相关，蛴螬等地下害虫严重发生地块根腐病亦重，反之较轻；重茬地和栽植时间较晚的牡丹园发病重，田间潮湿、积水时发病重，分株移栽时未经种苗处理的，带土球栽植的发病较重。
防治方法：①实行轮作，避免重茬，加强金龟子成虫及幼虫的防治；②土壤处理，犁地前每公顷撒呋喃丹或甲基异柳磷颗粒剂45～75千克；牡丹栽植前再穴施上述药剂每穴3～5克；③种苗处理，植株挖出后晒2天，剪去伤残根及衰老根，然后全株放入甲基托布津（600～800倍液）＋甲基异柳磷（1000倍液）混合液中浸泡2～3分钟；捞出晾干后栽植。
