1、概念不同
全资子公司指的是完全由唯一一家母公司所拥有或控制的子公司。合资公司一般定义为由两家公司共同投入资本成立，分别拥有部分股权，并共同分享利润、支出、风险及对该公司的控制权。
2、制度不同
全资子公司制正好与合资公司制相反，全资子公司的法律地位，是独立的法人，但却只有事业部制的权限。全资子公司的考核方式是利润中心责任制，所以全资子公司制实际上是一种事业部制。
合资公司是与股东投资额的比例大小来确定股东在公司权利与义务大小。合资企业是一企两制，正确处理两种所有制关系是促进合作共事，增加企业活力的有效措施。
3、法律地位不同
全资子公司依法独立承担民事责任。子公司在经济上受母公司的支配与控制，但在法律上，子公司是独立的法人。
全资子公司是指一定比例以上的股份被另一公司持有或通过协议方式受到另一公司实际控制的公司。虽然子公司受母公司的控制，但在法律上，子公司仍是具有法人地位的独立企业。它有自己的名称和章程，并以自己的名义进行业务活动，其财产与母公司的财产彼此独立，对各自的债务各自负责，互不连带。
参考资料：
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