关于增值税专用发票的一些问题

我公司现在做受托加工业务，原材料和主要材料都是对方公司提供，辅料是我公司自己付款采购，与委托加工单位结算的时候，对方付给我们加工费7万、辅料费用2万以及成品装卸费5千，合同里面注明加工费和装卸费是现金支付，辅料费用是承兑支付，现在我公司急用款要求对方承兑部分改为电汇，对方同意并按照3%贴息后的金额（19400元）电汇给我们了，但对方要求我们增值税专用发票要按照95000元来开，可实际我们只收到94400元，这个要怎么做账呢？