jsp嵌在body里面的java片段<%%>跟嵌在head里面的javascript有什么区别，一般怎么用这两个方式？

在body里面写的java代码一般是不推荐这样写的，两者不是同一类型的东西，js是页面客户端运行，一般用于验证，和做页面效果的。java代码一般是取值或者逻辑判断才用的到。

jsp中的<%%>代码片段是在java web server(以下简称jws)中执行，jws把动态把jsp翻译成servlet执行，输出流(jsp里的out)才会发送到浏览器的，主要用来获取或计算一些数据；
js是嵌在html里的代码，由浏览器负责解释执行，主要用于一些前端事件本回答被提问者采纳

js一般都是做特效用或是做验证用的，java片段一般是处理数据用的

建议你看一下JSP的基础吧。二者根本不是一回事。
<%%>是写Java代码的，从后台获取数据。
javascript是写脚本操作页面的。