就业协议上的用人单位主管部门的章没盖怎么办？

我是今年的应届毕业生（安徽），现在已经和医院签订了就业协议（医院性质是企业法人），但是辅导员说毕业派遣只有协议书上录用单位公章及所属地人才市场公章均齐备的情况下才派到用人单位，否则派回生源地所在地人才市场，而我的只盖了医院的公章，可当初医院说用人单位上级主管部门的章不需要盖，档案接受一栏也写了医院的名称，我就这样彻底凌乱了...请问：1.学校还会把我的档案派遣到医院吗？2.假如派遣到医院，医院又没有人事档案管理权该怎么办？会对我的工龄、社保、干部身份有影响吗?3.我的档案究竟是放在医院好还是放在人才市场好？（我该不该去人才市场把章补盖上？）4.我到底怎么办？好凌乱.......