一、用处不同
1、出入境通行证：出入境通行证是公民从事边境贸易、边境旅游服务或者参加边境旅游等情形下可申请的出入境通行证件。
2、护照：护照是一个国家的公民出入本国国境和到国外旅行或居留时， 由本国发给的一种证明该公民国籍和身份的合法证件。 护照（Passport）一词在英文中是口岸通行证的意思。也就是说， 护照是公民旅行通过各国国际口岸的一种通行证明。
二、办理方式不同
1、出入境通行证：公民从事边境贸易、边境旅游服务或者参加边境旅游等情形，可以向公安部委托的县级以上地方人民政府公安机关出入境管理机构申请中华人民共和国出入境通行证。
2、护照：申请人居民身份证、户口簿及复印件;在居民身份证领取、换领、补领期间，可以提交临时居民身份证。
未满16周岁的居民携带本人户口簿（集体户口提交《常住人口登记表》）、其监护人居民身份证原件以及能证明监护关系材料的原件（如户口簿、出生证等），并由其监护人陪同前往办理。
三、期限不同
1、出入境通行证：证件最初发给因国籍冲突不便持有护照的人员入国或出国时使用，在出境或入境时收回。
2、护照：护照申请后，长期有效。
参考资料来源：百度百科-护照
参考资料来源：百度百科-出入境通行证
区别如下：
1、概念不同
护照是持证人本国签发的用以在海外表示持证人身份和国籍信息的，相当于在海外使用的身份证。通常当作通关的证件使用。
和护照性质类似，但是出入境通行证使用范围受限也比较特殊，一般是在特定地区使用，不一定是海外，比如港澳通行证是在港澳地区使用、台湾通行证在台湾使用。类似的还有边防证，在大陆地区部分边境地区使用。
2、使用目的不同
护照主要是出国专用，可在其他国家证明自己身份的证明，而出国时可停留于香港、澳门。
港澳通行证则是国内的居民因私往来香港或澳门特别行政区旅游、探亲、从事商务、培训、就业等非公务活动时所用。
3、办理价格不同
初次申领护照费用200元，补发护照400元/本。
往来港澳通行证的费用为100元，而每一个签注为20元，二次往来签注，每个40元，并外加签注加注费20元。
4、有效期不同
成人护照有效期一般为10年，未成年人护照有效期为5年。
港澳通行证一般有效期为5年，2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，未满16周岁的仍然为5年有效签证。
5、使用范围不同
护照主要使用范围是指国外，通行证主要使用范围是港澳台和一些边防城市。
参考资料：
1、港澳通行证跟护照同属于国家出入境证件，而最大的区别则是目的地不同。
2、港澳通行证的目的地主要是香港以及澳门这两个特别行政区；而护照的目的地则是第三国家。
3、港澳通行证则是国内的居民因私往来香港或澳门特别行政区旅游、探亲、从事商务、培训、就业等非公务活动时所用。在办理港澳通行证的时候一般会签注，可以自己选择一年几次。
4、港澳通行证(自由行)享有的主要优势：
可以单独出发，用个人身份，在有效签注时间内根据签注条件自由往返签注指定地区，所以叫自由行；
5、没开通自由行地区的赴港澳的通行证：
A、L签注--就是跟户口所在地组织的旅行团，集中办理证件、证件除了出入海关，也是集中管理，集中出入，不可以单独出入海关。旅行社一般都有为每个人做了担保的，如出了问题，他们要被公安请去喝茶的。当然也有自己单独到了某海关，自己找团一起出境的，那要化跟团的银子的，也是一个办法。
B、商务签注--具备申请港澳商务签注资格的公司(详细条件公安局有规定)出面申请(其实也是担保)，可为该公司员工办理商务签注，这个可以户口在哪里没有关系，只要公司愿意为你申请就可以。
出入境通行证和护照有什么区别？
1、通行证跟护照不是一个概念，简单说，就是2个本子。
护照是出国专用的证明公民身份的旅行证件，出国可经停香港或澳门。但是国内居民非因出国经停需要去港澳，一定要办理专门的港澳通行证。
2、港澳通行证有2大类4种：
分公安部发与国务院港澳办发的商务证，走的出境通道是严格区分的；
B--因私。
均是旅游用，均公安部发证。一种是自由行的（F签注），可以以个人身份自由出入境；一种是旅游签注（L签注），必须跟团出游，不可以以个人身份出入境。这些证件香港也叫双程证，就是出去了还回来的意思（我个人理解的，因为持单程证的一般就是迁居香港的，去了就不回了）。
3、我们这里所讨论的港澳通行证，一般是专门指的是自由行（F签注）。自由行签注办理必须同时具备几个条件：
A、首次申请通行证必须本人执户口本在户口所在地公安机关申领证件，不可以委托别人办理，同时请注意，办理港澳通行证需要户口本/身份证，跟其他的（如社会保险关系、暂住身份、护照）无任何逻辑关系；
B、申请人必须在户口所在地公安机关办理证件，以及今后的签注续签，不可以异地补签；
C、必须确认申请人户口所在地城市经过国家批准，正式开通办理了港澳自由行（请见当地市以上公安机关公示与通知）；
所以请各位想以自由行身份去港澳的对照上述条件，就知道应该如何做了。
基本上本版面讨论的琐碎问题，都在上述几条中有答案，请仔细对照。
4、港澳通行证（自由行）享有的主要优势：
可以单独出发，用个人身份，在有效签注时间内根据签注条件自由往返签注指定地区，所以叫自由行。
5、没开通自由行地区的赴港澳的通行证（主要是非深圳户口问这个问题最多）：
A、L签注--就是跟户口所在地组织的旅行团，集中办理证件、证件除了出入海关，也是集中管理，集中出入，不可以单独出入海关。
旅行社一般都有为每个人做了担保的，如出了问题，他们要被公安请去喝茶的。当然也有自己单独到了某海关，自己找团一起出境的，那要化跟团的银子的，也是一个办法。
