进口加工料件进行手册核销在免抵退系统中具体如何操作？

我司前两年的进口料件主要是边角废料，国税要求我司在免抵退系统中进行调减，我知道是在第一大步的第六小步的进口料件手册核销中进行操作，但是我要把那个总的调减金额输入到那一项里面呢？还是除了输入总金额，，还需要做其他的吗
这个手册核销调减的金额 跟增值税申报有关联吗？也就是说我在做增值税申报的时候这个要不要加入到里面呢？增值税零申报和非零申报分别如何处理这种情况呢？ 谢谢~~