微信公众号里，点击一个自定义菜单，然后弹出扫一扫框，可以吗？如果可以怎样实现呢？

可以的 你可以百度一下鱼塘

var WxJsInit =
{
init : function() {
var isAlipay = BrowserUtils.versions.alipay;
if(isAlipay){
$qrcodeBtn.on('click',function (e) {
e.preventDefault();
window.location.href = "alipayqr://platformapi/startapp?saId=10000007";
});
} else {
//如果是支付宝游览器，就不初始化微信了
WxJsInit.prepare();
}
$qrcodeBtn.click();
},
prepare : function() {
var param = {};
// 若此处URL带有?key=value&key2=value2这种的请勿保留，自行处理
param.url = window.location.href;
var callback = WxJsInit.config;
Ajax.getJson(StringUtils.join(COMMON.srcBase,
'/weixin/thirdParty/wxJs/', appId, '/config'), param,
callback);
},
config : function(data) {
if (data.success) {
var data = data.data;
wx.config({
debug : false, // 开启调试模式,调用的所有api的返回值会在客户端alert出来，若要查看传入的参数，可以在pc端打开，参数信息会通过log打出，仅在pc端时才会打印。
appId : data.appid, // 必填，公众号的唯一标识
timestamp : data.timestamp, // 必填，生成签名的时间戳
nonceStr : data.nonceStr, // 必填，生成签名的随机串
signature : data.sign,// 必填，签名，见附录1
jsApiList : [ 'checkJsApi', 'scanQRCode' ]
// 必填，需要使用的JS接口列表，所有JS接口列表见附录2
});
} else {
console.log('调用微信JS接口出错');
}
}
};

wx.error(function(res) {
alert("出错了：" + res.errMsg);//这个地方的好处就是wx.config配置错误，会弹出窗口哪里错误，然后根据微信文档查询即可。
});
wx.ready(function() {
wx.checkJsApi({
jsApiList : ['scanQRCode'],
success : function(res) {
}
});
$qrcodeBtn.on('click',function (e) {
e.preventDefault();
wx.scanQRCode({
needResult : 1, // 默认为0，扫描结果由微信处理，1则直接返回扫描结果，
scanType : [ "qrCode"], // 可以指定扫二维码还是一维码，默认二者都有
success : function(res) {
var result = res.resultStr; // 当needResult 为 1 时，扫码返回的结果
window.location.href = result;//因为我这边是扫描后有个链接，然后跳转到该页面
}
});
});
});
//初始化
WxJsInit.init();

可以