仰恩大学始建于1987年，由爱国华侨吴庆星先生家族独资创办的仰恩基金会投资创建的，经国家教委批准为全日制普通高等学校。
仰恩大学从初创至今，经历了二个发展时期。第一个发展时期为“捐资公办时期”；第二个发展时期为“独资私办时期”。 捐资公办时期 （1988年6月至1994年6月） 仰恩大学在捐资公办暑期又经历了三个发展阶段：
1. 第一阶段 （华侨大学仰恩学院 1988年6月至1989年6月）
学校由吴先生家族独资创办的仰恩基金会出资兴建，实行由福建省教育委员会和华侨大学联合办学，共同管理的管理体制，定名为华侨大学仰恩学院。在该阶段，仰恩学院虽然名义上是华侨大学属下的一所学院，但具有完全独立性。在校生发展规模定为600人。
2. 第二阶段 （仰恩学院 1989年8月至1992年3月）
1989年8月国家教委同意仰恩学院脱离华侨大学独立办学，学校名称为仰恩学院（正厅级），由福建省省委、省政府配备学校领导班子与教职员工，福建省教委直接管理。仰恩基金会将学校全部校产捐赠给福建省政府。
3. 第三阶段 （仰恩大学 1992年3月至1994年6月）
1992年3月国家教委下文给福建省政府称“经国务院批准，同意你省在仰恩学院基础上建立仰恩大学”，“由吴庆星先生捐资兴建，国家办学，福建省人民政府领导。”学校计划规模暂定2000人。在此发展时期，学校设有动物科学系、土木工程系、英语系和机械制造系等4个系，其中动物科学系是福建省重点学科。 独资私办时期 （仰恩大学 从1994年7月开始） 1993年国家教委专程派员来仰恩基金会，建议吴先生独资办学，把仰恩大学办成一所作为国家教育改革试点的私立大学。随后，福建省省委、省政府也多次来仰恩基金会，先是向吴先生提出联合办学的设想，但未果。接着又向吴先生建议，为着国家教育改革，把仰恩大学办成私立大学，作为国家教育改革的试点。福建省政府把吴先生捐赠的校产全部归还给仰恩基金会。私立仰恩大学接收过来的学生仅100余人，其中大专生和委培生各50多人。
2008年以良好的成绩通过教育部本科教学工作水平评估，成为福建省第一所通过本科教学工作水平评估的民办高校。
