降解了的pcr产物做克隆会不会得到部分缺失的结果

有可能，如果是降解成碎片段，然后你用的是TA连接，即用T载体连接PCR产物，是可能会出现一些缺失了部分片段的重组子的（其实，除非降解的很严重，问题也不会太大。因为那个A是在PCR产物末端加上去的一个凸出碱基，降解的碎片段可能没有这个A凸出）。如果你用的是双酶切法，因为可能有一端的酶切位点降解掉了，自然也就不能连上载体。

最稳妥的办法可以你去跑电泳，把目的条带的PCR产物割下来回收纯化，这样降解片段自然就很少了。本回答被提问者和网友采纳