除了个别独立学院是公办之外，大部分独立学院也都是民办的，所以他们在一定程度上也可以叫做民办学院，唯一区别就是披着一个更华丽的外衣，挂靠着知名的公办大学的牌子。但最近几年很多独立学院纷纷脱离了母体，和挂靠院校分道扬镳，变成了真正的民办学院。
现在社会上，一般把独立学院和民办本科院校统统归属到三本上，但这样归类并不完全对，不管是独立学院还是民办本科，里面并不都是三本的，甚至有些独立学院还招一本的专业，二本的独立学院和民办本科也很多。
可以这么说，三本都是独立学院或民办本科，大部分的独立学院和民办本科属于三本，个别院校属于一本或者二本。
三本独立学院是怎样出现的？
以“独立学院”形式存在的三本院校，在中国是伴随着1999年高考大扩招而出现的。
当时的历史背景是：国家下大棋决定高考扩招，99年当年就比98年扩招了近50%，而且后面几年一直保持了类似的扩招速度。
但当时已有的公办高校并没做好相应的准备，很快就全都人满为患，有些学校甚至连安排宿舍都成了大问题，指望靠他们一年半载就能解决多出来的几十万学生根本不现实。
于是国家开始在存量外做文章，除了加速审批新大学之外，还开了政策口子，允许公办高校与民间社会组织及个人合作办学，授予大学本科学历。
各个省份的情况都不同的，我只了解我们本省浙江省的。三本和独立学院文凭一般都是各发各的，和本校不同的，有一些独立学院是发本校的，但只是很少一部分。高考中本科按录取批次划分为三个批次，一本为第一批次、二本为第二批次、三本为第三批次，每年三本线有考生总成绩而有所不同。也是指三本院校，一般“三本”本科高校包括：1、独立学院==独立二级学院（公办、民企出资）、2、民办本科高校。（私办、私人出资）、3、合作办学本科高校。（属于民办范畴）。三本高校：具有“校园独立、招生独立、财务独立，部分师资力量与教学设施等与校本部共享”等特点。三本院校的学费较高。 考生在修完大学四年课程，在三本院校顺利毕业之后，可以取得“本科毕业证书”和“学士学位证书”等两个证书，毕业证和学位证都是独立学院的证书，并以独立学院名称具印。从全国范围看，独立学院自1999年6月诞生，是指普通本科高校依据相关规定，是为了贯彻落实教育部八号文件精神，按照新的机制和模式举办的本科层次的二级学院。独立学院的产生，主要有以下几种方式：国办院校结合企业资本联合举办、民办大学挂靠改制和国办大学独立兴建这三种方式。
独立性：独立学院有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，应具有独立法人资格，能独立承担民事责任。独立学院还按国家有关教育事业统计工作的规定，独立填报《高等教育基层统计报表》。在性质上是一所完全独立的院校。
民办性：独立学院与大学内部学院的重要区别还在于其完全的民办性，独立学院由于其独立性，其经费来源不是来自国家拨款而是由学院的举办方通过各种方式筹集得到，在经费、学费和其他一些相关的管理上也都是按照民办大学的方式进行管理。
