专家认为，泛北部湾港口可划分为北部湾港口群、马六甲海峡港口群、菲律宾沿岸港口群。三个港口群目前主要功能各不相同：广西北部湾港、广东湛江港、海南的港口和越南海防港、砚港、胡志明港等呈“S”型分布的北部湾港口群，以大宗散货吞吐为主，集装箱比例逐年上升；新加坡港和马来西亚、印尼的部分港口呈带状分布，形成马六甲海峡港口，是传统的集装箱大港聚集区域，以集装箱运输为主；菲律宾沿岸港口群基本呈带状分布，与马六甲海峡港口群呈平行分布，港阔水深，但内陆交通系统不够完善。
与世界其他大洋海岸的港口“步调一致”相比，泛北部湾港口的整合远为复杂。其中最重要的原因就是经济发展起步相对较晚，使得港口资源作为国家经济重要支柱的基础优势未能得到充分发挥，除了新加坡、香港等少数港口，到目前大部分仍然属于中小型的港口。
在东盟10国中，经济发展不平衡的状况十分突出，既有发达的新加坡、马来西亚、文莱和相对较好的泰国、菲律宾、印尼，还有正在崛起中的越南，而缅甸、柬埔寨、老挝则明显滞后。经验表明，处于经济不平衡状态的地区，先行者为了保持优势，后来者为了迎头赶上，使得竞争往往大于合作，在港口建设上着眼于“求全”而不是“求专”，参与合作分工往往让位于短期竞争的需要，几成必然。
除了经济不平衡，泛北部湾地区的港口合作，还受到其他因素的影响。一是历史上国与国之间存在的领土、领海争端；二是民族、文化、宗教的冲突；三是作为资源富集地，外部政治、军事势力的介入，这些因素在不断变动的国际政治格局中，容易造成局部不稳定；四是一些国家内部政治矛盾激化，影响对外合作。
东盟各国在政策和法律的制订和具体实施管理中，存在较大差异。而对于提供货物集散服务的港口而言，流畅的物流链，恰恰在信息、技术标准及海事、保险、司法等服务上要求相互紧密衔接。一些专家预测，世界经济持续增长，海事贸易在2020年的规模将是现在的三倍。技术的发展、贸易的模式、战略、航运议程、路线，对于港口而言都是巨大的挑战。调整港口结构，进行合理定位，实现功能互补和协调发展，促进港口大型化、专业化、现代化，成为泛北部湾港口的共同要求。
