用一般贸易充当加工贸易出口,核销手册怎么操作

没明白你的意思，你是说手册的料件做成成品后，报关出口的时候报成了一般贸易？如果是这样，那你可能无法核销，估计需要内销征税。严重的可能会认定你是飞料走私，如果是用一般贸易的料件替换加工贸易项下的料件做成成品在手册项下出口，那如果稽查没查出来，核销的时候过了也就过了，但是一旦查出来，那肯定是要按走私论处的。

被海关查出来很严重的