中国科学院创新工程重大项目“中国陆地和近海生态系统碳收支研究（KZCX1-SW-01-01A），子课题“热带季节雨林生态系统碳通量观测研究”，子课题负责人，2001～2005年。
国家973项目“中国陆地生态系统碳循环及其驱动机制研究”（2002CB412501）子课题“热带季节雨林生态系统碳通量/储量观测研究”，子课题负责人，2002—2007年。
国家自然科学基金项目“复杂环境条件下热带雨林碳通量及NPP评价研究”（40571163），项目负责人，2006～2008年
中国科学院知识创新工程重要方向项目“中国陆地生态系统碳氮通量特征及其环境控制作用研究”，第一课题“典型生态系统碳氮通量及其稳定同位素的联网观测”的子课题“热带季节雨林生态系统碳氮通量及其稳定同位素的联网观测”（KJCX2-YW-432-1），子课题负责人，2007～2009年
中国科学院知识创新工程重要方向项目“中国森林生态系统固碳潜力及其增汇技术分析”第4课题“西南林区森林的固碳潜力与增汇途径”（KZCX2-YW-Q1-05-04），课题负责人，2009～2011年
国家重点基础研究发展计划（国家973项目）“中国陆地生态系统碳-氮-水通量的相互关系及其环境影响机制”第1课题“主要陆地生态系统碳氮水通量的年际变异及其相互平衡关系研究” （2010CB833501），专题负责人，2010-2014。
国家973项目“纵向岭谷区生态系统变化与西南跨境生态安全”第一课题“纵向岭谷特殊环境下“通道-阻隔”作用及其生态效应（2003CB415101），课题第二负责人，2003—2008年；承担“纵向岭谷区通道－阻隔作用控制的气候格局与植被分布”专题。
主持云南省自然科学基金“林窗辐射能量环境研究”课题，1998—2001年。
主持中科院“院长基金”和人事部“小额研究经费”资助项目“澜沧江流域太阳辐射能量流动对生物多样性的影响机制研究”，1998—2001年。
主持中科院“院长基金”和人事部“小额研究经费”资助项目“澜沧江流域太阳辐射能量流动对生物多样性的影响机制研究”，1998—2001年。
参加中国科学院知识创新工程项目“典型森林生态系统动力学及其可持续管理研究”，2000－2003
参加中国科学院重大课题“澜沧江流域人文因素对生物多样性的影响机制研究”，中国科学院资助，1997－2001年。
参加中国科学院重点课题“热带森林不同生长时期的生境、物种及群落结构动态的比较研究”，中国科学院资助，1997－2000年。
参加国家基金和云南省科学基金资助课题“片段化森林边缘小气候特征”，1997－2000年。
主持“低纬高原城市——昆明市生态气候研究”课题，国家教委“留学回国人员科研启动基金”、中国科学院“留学经费择优支持回国工作基金”资助，中科院昆明分院“择优支持经费”资助，1995—1998年。
主持国家自然科学基金重点课题“住区微气候环境中的热物理问题”（与清华大学共同）（59836250），1999—2002年。
主持云南省自然科学基金项目“建筑物外表面热力效应及对城市气候形成机制影响研究” （2003D0071M），2003—2006年。
主持 “热带引种植物对引种地气候环境长期适应对策研究”项目，云南省自然科学基金资助（2004C0053M），2004－2007年。
主持“热带引种植物物候长期变化特征对植物迁地保护的贡献”项目，国家自然科学基金资助（30670395），2007-2009年。
主持中国科学院植物园与生物分类研究项目“热带引种植物物候长期变化特征对植物迁地保护的贡献” （KSCX2-YW-Z-004），2007-2009年。
承担张一平，中国科学院信息化专项“互联网络环境建设与服务”子课题“哀牢山亚热带森林生态系统网络环境建设”（TZ-SW-005），45万元，2009-2011
参加中国科学院重大课题“中国生态系统研究网络”的二级课题，“生态系统生产力形成机制与可持续性研究”，中国科学院资助，1996－2000年。
参加中国科学院重大课题“中国生态系统研究网络”的三级课题，“中国热带生态系统结构功能和提高生产力途径的研究”，中国科学院和世界银行资助，1991－1995年。
参加中国科学院知识创新工程重大项目“岷江上游典型退化生态系统恢复与重建示范研究”，2001－2004年。
参加科学院与云南省合作项目“景迈古茶园（天然林下茶叶种植）农业生态系统研究和标准化有机茶开发”，2002－2003年。
参加云南省自然科学基金重点项目“云南主要公路沿线山地生态环境评估” （2003C0002Z），2003－2007年。
