请问2002年在农村的自建房当时只办了临时用地建房手续，如果以后涉及到征收算违章建筑吗？

临时用地使用单位向所在地市、县国土资源行政主管部门提出申请。

提交下列材料：

临时用地申请书。
临时用地协议书。
经市、县国土资源行政主管部门审查通过的土地复垦方案。
1:10000土地利用现状图（用红线标注临时用地的位置和范围）。
土地利用总体规划图。
城市规划区内临时用地或者临时使用林地的，应当分别提交城市规划行政主管部门、林业行政主管部门审查同意的文件。
生产建设项目批准（或核准、备案）文件。
其他规定的材料。
简介：
临时用地协议书由临时用地单位与被使用土地的使用权人签订。临时使用未确定使用权国有土地的，由临时用地单位与市、县国土资源行政主管部门签订临时用地协议；
临时使用已确定使用权国有土地的，由临时用地单位与市、县国土资源行政主管部门和国有土地使用权人签订临时用地协议；临时使用农村集体土地的，由临时用单位与农村集体经济组织签订临时用地协议。本回答被网友采纳

2002年办的临时用地建房手续，你看一下是否期满了？一般临时性用地期限是两年，不排除有些地方性规章超过两年的情况。
如果期满未续办手续就算违章建筑，具体以当地征收文件为准。