我爸爸的奶奶跟他爸爸的爷爷是兄妹我们能不能在一起

不能，婚姻法规定 近亲3代不能结婚 你们正好是第三代

近亲结婚遗传疾病的概率较高，并不是说只要近亲结婚子女就会有遗传病。
爷爷、奶奶是兄妹关系，首先受影响的是你的父亲和伯伯、叔叔和姑姑，如果你的这些亲人没有遗传疾病，那么到了你这一代受影响的几率就更低了，几乎已经殆尽。遗传疾病是显性遗传，而不是隐形遗传，你不用担心。本回答被提问者采纳

因为你们的父亲是很近的表兄弟 也就是你们的爷爷是亲表兄弟
还不算太远 最好不要在一起