工程招标时投标报价低于标底的6%且不能合理解释的即废标，我公司认为不合理，应调至20%，请帮忙补充理由

这个太主观了，标底是如何编制的？是按照定额编制还是按照定额编制后再下浮了做标底？如果是按照定额编制，那么你公司可以说明，该类工程社会平均价格一般比定额水平低多少，比如低20%，这样招标人以6%为标准，会使得有竞争力的公司失去中标机会。

招标人的规定没有违反法律或政策规定，投标人只能积极响应。除非你有充足的证据、理由证明。

以招标方编制的招标文件为主，招标文件规定多少即为多少。