凌迟处死，主要原因是放清军入关（莫须有的罪名），其实擅杀毛文龙才是朝廷和崇祯皇帝疑惧的主要原因。
袁崇焕（1584年—1630年），字元素，生于广东东莞石碣，祖籍广西梧州（籍贯争议 ）。明朝末年蓟辽督师。
万历四十七年（1619年）中进士，后通过自荐的方式在辽东边关任职，得到孙承宗的器重镇守宁远。在抗击清军（后金）的战争中先后取得宁远大捷、宁锦大捷，但因为不得魏忠贤欢心辞官回乡。
明思宗朱由检即位后袁崇焕得以重新启用，于崇祯二年（1629年）击退皇太极，解了京都之围后，魏忠贤余党以“擅杀岛帅”、“与清廷议和”、“市米资敌”等罪名弹劾袁崇焕，皇太极又趁机实施反间计，袁崇焕最终被朱由检以通敌叛国罪处以凌迟。
袁崇焕作为抗清名将，是一位争议较大的人物，被处死后明朝百姓争相抢食他的肉，而到了清乾隆时期，又受到了乾隆皇帝的赞赏。袁崇焕受到的评价褒贬不一。
杀毛文龙
崇祯二年（1629年），袁崇焕以东江毛文龙虽然能牵制后金军，但毛文龙耗费的钱粮实在太大，袁崇焕上书请求让朝廷派人来管理毛文龙部的军饷，毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩。而后毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕于是决定杀掉毛文龙。
同年五月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有觉察到袁崇焕的来意。袁崇焕提议更改军营制度，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不高兴，袁崇焕用回乡来打动他，毛文龙说：“我向来有这个意思，但只有我知晓辽东的事务，辽东的事情解决后，朝鲜衰弱，可以袭击占有。”袁崇焕对毛文龙的回答感到不高兴。
而后袁崇焕邀请毛文龙观看将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。毛文龙到了之后，他的部下没能入内。袁崇焕说：“我早晨就走，你担当海外的重托，请受我一拜。”毛文龙回拜之后俩人开始登山。路上袁崇焕问随从官员的姓名，大多都是姓毛的。毛文龙说：“这些都是我的孙子。”袁崇焕笑着说：“你们在海外长久劳累，每月禄米只有一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国家尽力。”众人都叩头道谢。
袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其争辩，袁崇焕厉声斥责毛文龙，下令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，毛文龙表示不服，袁崇焕于是列数毛文龙的十二条罪状，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。
袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕他的部下叛变，于是增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，人心背离，难以使用，而后会导致叛离。袁崇焕上书给明廷：“东江镇是牵制敌人所必须依托的。现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”皇帝朱由检对兵员减少军饷却增加的事情感到疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就答应了他。
下狱处死
但后金军退兵后，袁崇焕却被治罪。当初后金军进入的关口是属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知后金军入关，直逼京城，于是千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，朱由检对此也很怀疑。此时后金军也设计离间，说袁崇焕与后金军有秘密约定。十二月，朱由检将袁崇焕下狱。
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产。
明思宗（即崇祯皇帝）在崇祯二年（1629年）十二月初将袁崇焕逮捕入狱。囚禁审讯半年后，在崇祯三年（1630年）八月，明思宗以“袁崇焕咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战。及至城下，援兵四集，尽行遣散。又潜携喇嘛，坚请入城”罪名于三年八月碟（zhe）刑（分裂肢体）处死于西市，弃尸于市。行刑那天，袁崇焕毫无惧色，他被五花大绑，押上刑场，“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊”，袁崇焕卒年四十七岁。
世传清太宗皇太极施反间计，捕捉两名明宫太监，然后故意让两人以为听见满清将军之间的耳语，谓袁崇焕与满人有密约，皇太极再放其中一名太监回京。明思宗中计，以为袁崇焕谋反；但是阎崇年等一些学者则倾向于认为明思宗杀袁崇焕是因为朝廷内阉党余孽的诬陷，皇太极的反间计只是袁崇焕落狱之因。
袁崇焕在行刑前，念出了自己的遗言：
一生事业总成空，
半世功名在梦中。
死后不愁无勇将，
忠魂依旧守辽东
