两台域控的系统是server 2003.现将A域的账户数据全部迁移到B域控上，A和B是不同的域，

因为计算机仍然加入的是A域控，没有退出。你需要将计算机退出当前域再加入B或者直接加入新域B即可。
请注意，你迁移的只是域控中的账户，电脑所在域（相当于户口）还没有转入B，所以电脑重新加域跟迁移域控账户是两回事。